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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n3g | ||||||
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タイトル | Solution structure of the ribosome-associated cold shock response protein Yfia of Escherichia coli | ||||||
![]() | Protein yfiA | ||||||
![]() | TRANSLATION / cold shock / translation inhibitor / dsRBD | ||||||
機能・相同性 | ![]() dormancy process / negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / negative regulation of translational initiation / response to cold / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / Torsion angle dynamics, simulated annealing | ||||||
![]() | Rak, A. / Kalinin, A. / Shcherbakov, D. / Bayer, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution structure of the ribosome-associated cold shock response protein Yfia of Escherichia col 著者: Rak, A. / Kalinin, A. / Shcherbakov, D. / Bayer, P. #1: ![]() タイトル: A protein residing at the subunit interface of the bacterial ribosome 著者: Agafonov, D.E. / Kolb, V.A. / Nazimov, I.V. / Spirin, A.S. #2: ![]() タイトル: 1H, 13C and 15N resonance assignments of the ribosome-associated cold shock response protein Yfia of Escherichia coli 著者: Kalinin, A. / Rak, A. / Shcherbakov, D. / Bayer, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1015.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 852.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12803.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: Hydrogen bonds were extracted from a series of 15N-HSQC spectra recorded in D2O; Assignment was done using triple-resonance spectra |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 29 |