PDB-1n37: NMR Solution Structure of the Anthracycline Respinomycin D Interc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1n37

タイトル

NMR Solution Structure of the Anthracycline Respinomycin D Intercalation Complex with a Double Stranded DNA Molecule (AGACGTCT)2

要素

5'-D(*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*T)-3'

キーワード

DNA / drug-DNA recognition / anthracycline antibiotcs / Respinomycin D / molecular dynamics simulations / NMR spectroscopy

機能・相同性

RESPINOMYCIN D / DNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Maynard, A.J. / Williams, H.E.L. / Searle, M.S.

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2003
タイトル: DNA recognition by the Anthracycline Antibiotic Respinomycin D: NMR Structure of the Intercalation Complex with d(AGACGTCT)2
著者: Searle, M.S. / Maynard, A.J. / Williams, H.E.L.

履歴

登録	2002年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1n37.cif.gz	23.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1n37.ent.gz	14.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1n37.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1n37_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1n37_full_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示
XML形式データ	1n37_validation.xml.gz	2.7 KB	表示
CIF形式データ	1n37_validation.cif.gz	3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/1n37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/1n37	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5kih-d 2n5p-d 3mya-2 1kjk-d 1dtx-d 5n7l-d 4ph1-2 1rmx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*T)-3'

B: 5'-D(*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*T)-3'

ヘテロ分子

5.92 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / -
代表モデル	モデル #1

#1: DNA鎖	5'-D(APGPAPCPGPTPCPT)-3' 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-RSD / RESPINOMYCIN D 分子量: 1068.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₁H₇₅N₂O₂₂

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY

-
試料調製

詳細	内容: Respinomycin D, D(AGACGTCT)2, TSP, NaN3, Na-ETDA / 溶媒系: D2O
試料状態	イオン強度: 100mM NaCl 10mM Na2HPO4 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
SANDER(AMBER)	4.1	PEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM,FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN	構造決定
SANDER(AMBER)	4.1	PEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM,FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Sample was subjected to 500ps of restrained molecular dynamics. Using the AMBER94 Force Field

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 1

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