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万見
- PDB-1n23: (+)-Bornyl diphosphate synthase: Complex with Mg, pyrophosphate, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n23
タイトル(+)-Bornyl diphosphate synthase: Complex with Mg, pyrophosphate, and (1R,4S)-2-azabornane
要素(+)-bornyl diphosphate synthase
キーワードISOMERASE / terpene synthase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


(+)-camphene synthase / (+)-alpha-pinene synthase / (+)-bornyl diphosphate synthase / (+)-camphor biosynthetic process / geranyl-diphosphate cyclase activity / camphene synthase activity / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / chloroplast / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(1R,4S)-2-AZABORNANE / PYROPHOSPHATE 2- / (+)-bornyl diphosphate synthase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Salvia officinalis (サルビア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Whittington, D.A. / Wise, M.L. / Urbansky, M. / Coates, R.M. / Croteau, R.B. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Bornyl diphosphate synthase: Structure and strategy for carbocation manipulation by a terpenoid cyclase
著者: Whittington, D.A. / Wise, M.L. / Urbansky, M. / Coates, R.M. / Croteau, R.B. / Christianson, D.W.
履歴
登録2002年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (+)-bornyl diphosphate synthase
B: (+)-bornyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,84812
ポリマ－128,0712
非ポリマー77610
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area42830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.99, 118.18, 120.07
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer formed by chains A and B.

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要素

#1: タンパク質 (+)-bornyl diphosphate synthase


分子量: 64035.664 Da / 分子数: 2 / 断片: residue 50-598 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salvia officinalis (サルビア) / プラスミド: pSBET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3) / 参照: UniProt: O81192, (+)-bornyl diphosphate synthase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-2BN / (1R,4S)-2-AZABORNANE / (1R,4S)-2-アザボルナン


分子量: 139.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17N
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: PEG 8000, glycerol, bis-tris, magnesium chloride, dithiothreitol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 6.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
18 mg/mlenzyme1drop
21 mMdithiothreitol1drop
320 mMBis-Tris1droppH6.8
410 %(w/v)PEG80001reservoir
515 %(v/v)glycerol1reservoir
62 mMdithiothreitol1reservoiror 1mM potassium mercury thiocyanate
7220 mM1reservoirMgCl2
80.1 MBis-Tris1reservoirpH6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 56932 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 5555 / Rsym value: 0.294 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 30 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1N1B

1n1b


解像度: 2.4→29.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME, BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 2864 5.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 56538 99.5 %-
all-56823 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.3419 Å2 / ksol: 0.329098 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.49 Å20 Å20 Å2
2---2.08 Å20 Å2
3----0.41 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.34 Å / Luzzati sigma a free: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8742 0 44 222 9008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.871.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.012.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 503 5.4 %
Rwork0.258 8763 -
obs--98.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4POP.PARAMPOP.TOP
X-RAY DIFFRACTION52AB.PAR2AB.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Rfactor Rfree: 0.246 / Rfactor Rwork: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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