+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n20 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | (+)-Bornyl Diphosphate Synthase: Complex with Mg and 3-aza-2,3-dihydrogeranyl diphosphate | ||||||
要素 | (+)-bornyl diphosphate synthase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / terpene synthase fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (+)-camphene synthase / (+)-alpha-pinene synthase / (+)-bornyl diphosphate synthase / (+)-camphor biosynthetic process / geranyl-diphosphate cyclase activity / camphene synthase activity / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / chloroplast / magnesium ion binding / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salvia officinalis (サルビア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Whittington, D.A. / Wise, M.L. / Urbansky, M. / Coates, R.M. / Croteau, R.B. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Bornyl Diphosphate Synthase: Structure and Strategy for Carbocation Manipulation by a Terpenoid Cyclase 著者: Whittington, D.A. / Wise, M.L. / Urbansky, M. / Coates, R.M. / Croteau, R.B. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n20.cif.gz | 230.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1n20.ent.gz | 185.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n20.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/1n20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/1n20 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assembly is a dimer formed by the A and B chains. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64035.664 Da / 分子数: 2 / 断片: residue 50-598 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salvia officinalis (サルビア) / プラスミド: pSBET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3) / 参照: UniProt: O81192, (+)-bornyl diphosphate synthase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.05 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: PEG 8000, glycerol, bis-tris, magnesium chloride, dithiothreitol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 6.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9504 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9504 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 62532 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 6034 / Rsym value: 0.307 / % possible all: 94.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 1N1B 解像度: 2.3→28.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME, BULK SOLVENT MODEL USED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.7474 Å2 / ksol: 0.329226 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.7 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.32 Å / Luzzati sigma a free: 0.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.77 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.229 / Rfactor Rwork: 0.206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|