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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n1s | ||||||
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タイトル | Trypanosoma rangeli sialidase | ||||||
![]() | Sialidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / BETA PROPELLER / LECTIN-LIKE FOLD | ||||||
機能・相同性 | ![]() ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Amaya, M.F. / Buschiazzo, A. / Nguyen, T. / Alzari, P.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase 著者: Amaya, M.F. / Buschiazzo, A. / Nguyen, T. / Alzari, P.M. #1: ![]() タイトル: Structural basis of sialyltransferase activity in trypanosomal sialidases 著者: Buschiazzo, A. / Tavares, G.A. / Campetella, O. / Spinelli, S. / Cremona, M.L. / Paris, G. / Amaya, M.F. / Frasch, A.C. / Alzari, P.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | sequence The author maintains that the sequence in the sequence database is incorrect. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 142.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 378.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 386.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69912.727 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 23-660 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG-8000, sodium cacodylate, ammonium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→15 Å / Num. obs: 85308 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.047 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.74 Å / Rsym value: 0.4 / % possible all: 52.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 413311 / Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 52.5 % / Rmerge(I) obs: 0.405 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1mz5 解像度: 1.64→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.704 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.64→1.682 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.193 / Rfactor Rwork: 0.173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.64 Å / 最低解像度: 1.74 Å |