PDB-1n1s: Trypanosoma rangeli sialidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1n1s

タイトル

Trypanosoma rangeli sialidase

要素

Sialidase

キーワード

HYDROLASE / BETA PROPELLER / LECTIN-LIKE FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma rangeli (ランゲルトリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Amaya, M.F. / Buschiazzo, A. / Nguyen, T. / Alzari, P.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
著者: Amaya, M.F. / Buschiazzo, A. / Nguyen, T. / Alzari, P.M.

履歴

登録	2002年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年1月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

sequence The author maintains that the sequence in the sequence database is incorrect.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1n1s.cif.gz	146.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1n1s.ent.gz	112 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1n1s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1n1s_validation.pdf.gz	376.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1n1s_full_validation.pdf.gz	384.1 KB	表示
XML形式データ	1n1s_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	1n1s_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/1n1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/1n1s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1n1tC 1n1vC 1n1yC 1mz5S 1mz6 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1s0i-d 1wcs-d 1n1v-d 2ags-d 1ms1-1 2fhr-d 1ms8-1 1ms8-2 1n1t-d 1mz6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sialidase

ヘテロ分子

70 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.020, 93.970, 105.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sialidase / 3.2.1.18 分子量: 69912.727 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 23-660 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma rangeli (ランゲルトリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: O44049, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.32 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG-8000, sodium cacodylate, ammonium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	PEG-8000	1	1
2	sodium cacodylate	1	1
3	ammonium sulfate	1	1
4	ammonium sulfate	1	2
5	PEG-8000	1	2

結晶化

*PLUS

pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	20 mM	sodium phosphate	1	drop
3	30 mM	sodium acetate	1	drop	pH7.0
4	16 %(w/w)	PEG8000	1	reservoir
5	50 mM	sodium cacodylate	1	reservoir
6	100 mM	ammonium sulfate	1	reservoir	pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→15 Å / Num. obs: 85308 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / R_sym value: 0.047
反射シェル	解像度: 1.64→1.74 Å / R_sym value: 0.4 / % possible all: 52.5
反射	PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 413311 / R_merge(I) obs*: 0.047
反射シェル	PLUS % possible obs: 52.5 % / R_merge(I) obs*: 0.405

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1mz5

1mz5

解像度: 1.64→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19375	4111	5 %	RANDOM
R_work	0.17303	-	-	-
all	0.17406	-	-	-
obs	0.17406	78638	89.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.704 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4827	0	5	630	5462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	4938
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.314	1.935	6715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.43	3	626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.145	15	844
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	753
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3758
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.3	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.5	786
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.169	0.3	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.208	0.5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.587	1.5	3107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.108	2	5007
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.671	3	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.794	4.5	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.64→1.682 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.329	147
R_work	0.29	2616

精密化

*PLUS

% reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.193 / R_factor R_work: 0.173

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.314

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.64 Å / 最低解像度: 1.74 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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