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万見
- PDB-1n0y: Crystal Structure of Pb-bound Calmodulin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n0y
タイトルCrystal Structure of Pb-bound Calmodulin
要素Calmodulin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / calmodulin / lead
機能・相同性
機能・相同性情報


enzyme regulator activity / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CACODYLATE ION / LEAD (II) ION / Calmodulin
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium tetraurelia (ヨツヒメゾウリムシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Wilson, M.A. / Brunger, A.T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Domain flexibility in the 1.75 A resolution structure of Pb2+-calmodulin.
著者: Wilson, M.A. / Brunger, A.T.
履歴
登録2002年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin
B: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,47218
ポリマ－33,3752
非ポリマー3,09716
水2,684149
1
A: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2759
ポリマ－16,6871
非ポリマー1,5878
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1979
ポリマ－16,6871
非ポリマー1,5098
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.936, 30.792, 113.084
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin


分子量: 16687.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paramecium tetraurelia (ヨツヒメゾウリムシ)
遺伝子: CAM / プラスミド: pKK233-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P07463
#2: 化合物
ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: MPD, sodium cacodylate, sodium acetate, lead nitrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
160-65 %MPD1reservoir
250 mMsodium cacodylate1reservoirpH5.0
315 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.946 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月3日
放射モノクロメーター: single crystal Si(311) bent monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→53 Å / Num. all: 33765 / Num. obs: 33157 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 3174 / % possible all: 94.7
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 1.653 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.091
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2228 3312 10 %RANDOM
Rwork0.21344 ---
all0.21437 33594 --
obs0.21437 33157 98.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.271 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.71 Å2
2---0.94 Å20 Å2
3---1.45 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.222 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1311 0 23 149 1483
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0211331
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2191.9821781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg0.7555164
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021011
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2720.2711
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0970.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2950.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5441.5824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0921313
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3313507
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8254.5468
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 215 -
Rwork0.253 2112 -
obs-2327 94.7 %
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.223 / Rfactor Rwork: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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