ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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HKL-2000 | データ収集 | SCALEPACK | データスケーリング | CNS | 精密化 | HKL-2000 | データ削減 | CNS | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→14.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2421220.36 / Data cutoff high rms absF: 2421220.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.279 | 2113 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.231 | - | - | - |
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all | 0.231 | 42125 | - | - |
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obs | 0.231 | 42125 | 98.7 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.6542 Å2 / ksol: 0.413012 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.8 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 6.53 Å2 | 0 Å2 | 1.57 Å2 |
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2- | - | -2.77 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -3.67 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.43 Å | 0.33 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.45 Å | 0.32 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→14.97 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 9222 | 0 | 0 | 534 | 9756 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.008 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.5 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.78 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.34 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.31 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.95 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.13 | 2.5 | | | | | | | | |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.333 | 343 | 4.9 % |
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Rwork | 0.271 | 6607 | - |
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obs | - | 6607 | 98.1 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOP | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.7 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.77 | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.75 Å |
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