+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n08 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Schizosaccharomyces pombe Riboflavin Kinase Reveals a Novel ATP and Riboflavin Binding Fold | ||||||
![]() | putative riboflavin kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / kinase / phophoryl transferases / flavin cofactors / metal binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / riboflavin metabolic process / riboflavin kinase / riboflavin kinase activity / FMN biosynthetic process / riboflavin biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding ...Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / riboflavin metabolic process / riboflavin kinase / riboflavin kinase activity / FMN biosynthetic process / riboflavin biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bauer, S. / Kemter, K. / Bacher, A. / Huber, R. / Fischer, M. / Steinbacher, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Schizosaccharomyces pombe Riboflavin Kinase Reveals a Novel ATP and Riboflavin Binding Fold 著者: Bauer, S. / Kemter, K. / Bacher, A. / Huber, R. / Fischer, M. / Steinbacher, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 61.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18938.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SPCC18.16C / プラスミド: pNCO / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 8000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月2日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 42651 / Num. obs: 42651 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.044 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.431 / % possible all: 86.3 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.043 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.5 % / Rmerge(I) obs: 0.404 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1N06 解像度: 1.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.252 / Rfactor Rwork: 0.219 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|