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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mzj | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Priming beta-Ketosynthase from the R1128 Polyketide Biosynthetic Pathway | ||||||
![]() | Beta-ketoacylsynthase III | ||||||
![]() | TRANSFERASE / beta-Ketosynthase / aromatic polyketide / biosynthetic engineering / catalytic triad | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pan, H. / Tsai, S.C. / Meadows, E.S. / Miercke, L.J.W. / Keatinge-Clay, A. / O'Connell, J. / Khosla, C. / Stroud, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the priming beta-ketosynthase from the R1128 polyketide biosynthetic pathway 著者: Pan, H. / Tsai, S. / Meadows, E.S. / Miercke, L.J. / Keatinge-Clay, A.T. / O'Connell, J. / Khosla, C. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 115.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 951.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 999.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1eblS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35428.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: zhuH / プラスミド: pET-28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9F6D4, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 8000, sodium cacodylate, magnesium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月8日 / 詳細: Flat mirror + single crystal Si(111) |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 43722 / Num. obs: 43722 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2231 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / 冗長度: 6.1 % / Num. measured all: 264571 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EBL 解像度: 2.1→500 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→500 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 41952 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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