[日本語] English
万見
- PDB-1myn: SOLUTION STRUCTURE OF DROSOMYCIN, THE FIRST INDUCIBLE ANTIFUNGAL ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1myn
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF DROSOMYCIN, THE FIRST INDUCIBLE ANTIFUNGAL PROTEIN FROM INSECTS, NMR, 15 STRUCTURES
要素DROSOMYCIN
キーワードSIGNAL PROTEIN / DROSOMYCIN / INSECT IMMUNITY / ANTIFUNGAL / CSALPHA-BETA MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


antifungal humoral response / defense response to protozoan / defense response to fungus / response to bacterium / defense response / response to wounding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Gamma-thionin family / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED SIMULATED ANNEALING, ENERGY MINIMIZATION
データ登録者Landon, C. / Sodano, P. / Hetru, C. / Hoffmann, J.A. / Ptak, M.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Solution structure of drosomycin, the first inducible antifungal protein from insects.
著者: Landon, C. / Sodano, P. / Hetru, C. / Hoffmann, J. / Ptak, M.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996
タイトル: Determination of the Disulfide Array of the First Inducible Antifungal Peptide from Insects: Drosomycin from Drosophila Melanogaster
著者: Michaut, L. / Fehlbaum, P. / Moniatte, M. / Van Dorsselaer, A. / Reichhart, J.M. / Bulet, P.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Insect Immunity. Septic Injury of Drosophila Induces the Synthesis of a Potent Antifungal Peptide with Sequence Homology to Plant Antifungal Peptides
著者: Fehlbaum, P. / Bulet, P. / Michaut, L. / Lagueux, M. / Broekaert, W.F. / Hetru, C. / Hoffmann, J.A.
履歴
登録1996年12月26日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DROSOMYCIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9061
ポリマ－4,9061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 30NUMBER OF RESIDUAL VIOLATIONS AND INTERNAL GEOMETRY
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド DROSOMYCIN


分子量: 4905.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株: OREGON R / 器官: FRUIT / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41964
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111COSY
121TOCSY
131NOESY

-
試料調製

試料状態pH: 4 / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX500 / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
DIANA構造決定
X-PLOR構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED SIMULATED ANNEALING, ENERGY MINIMIZATION
ソフトェア番号: 1
詳細: THE 30 BEST STRUCTURES FROM THE 200 GENERATED WITH THE DIANA PROGRAM WERE REFINED WITH A SIMULATED ANNEALING/ENERGY MINIMIZATION PROTOCOL USING THE X-PLOR COMPUTER PROGRAM.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NUMBER OF RESIDUAL VIOLATIONS AND INTERNAL GEOMETRY
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る