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- PDB-1mxe: Structure of the Complex of Calmodulin with the Target Sequence o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mxe
タイトルStructure of the Complex of Calmodulin with the Target Sequence of CaMKI
要素
  • Calmodulin
  • Target Sequence of rat Calmodulin-Dependent Protein Kinase I
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Calmodulin-Pepide Complex / Calmodulin / CaMKI / XRAY
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of RAC1 downstream of NMDARs / positive regulation of syncytium formation by plasma membrane fusion / negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / regulation of protein binding / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / positive regulation of synapse structural plasticity ...Activation of RAC1 downstream of NMDARs / positive regulation of syncytium formation by plasma membrane fusion / negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / regulation of protein binding / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / positive regulation of synapse structural plasticity / rhabdomere development / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / rhabdomere / myosin V complex / kinetochore organization / autophagic cell death / regulation of muscle cell differentiation / G protein-coupled opsin signaling pathway / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / actin filament-based movement / myosin V binding / channel regulator activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / nucleocytoplasmic transport / positive regulation of muscle cell differentiation / myosin heavy chain binding / muscle cell cellular homeostasis / regulation of synapse organization / mitotic spindle pole / positive regulation of dendritic spine development / centriole replication / cellular response to ethanol / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / enzyme regulator activity / centriole / positive regulation of protein export from nucleus / sensory perception of sound / positive regulation of neuron projection development / microtubule cytoskeleton organization / spindle / mitotic spindle / sensory perception of smell / nervous system development / regulation of protein localization / midbody / cell cortex / cell differentiation / calmodulin binding / protein phosphorylation / postsynaptic density / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / calcium ion binding / centrosome / glutamatergic synapse / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Clapperton, J.A. / Martin, S.R. / Smerdon, S.J. / Gamblin, S.J. / Bayley, P.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structure of the Complex of Calmodulin with the Target Sequence of Calmodulin-Dependent Protein Kinase I: Studies of the Kinase Activation Mechanism
著者: Clapperton, J.A. / Martin, S.R. / Smerdon, S.J. / Gamblin, S.J. / Bayley, P.M.
履歴
登録2002年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin
E: Target Sequence of rat Calmodulin-Dependent Protein Kinase I
B: Calmodulin
F: Target Sequence of rat Calmodulin-Dependent Protein Kinase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,70512
ポリマ－39,3844
非ポリマー3218
水4,216234
1
A: Calmodulin
E: Target Sequence of rat Calmodulin-Dependent Protein Kinase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8526
ポリマ－19,6922
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area9010 Å2
手法PISA
2
B: Calmodulin
F: Target Sequence of rat Calmodulin-Dependent Protein Kinase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8526
ポリマ－19,6922
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area9010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.712, 69.581, 75.344
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin


分子量: 16694.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P62152
#2: タンパク質・ペプチド Target Sequence of rat Calmodulin-Dependent Protein Kinase I / CAM kinase I


分子量: 2997.628 Da / 分子数: 2 / Fragment: Calmodulin Binding Domain / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide synthesis / 参照: UniProt: Q63450, EC: 2.7.1.123
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Cacodylate, Calcium chloride, MPD, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / pH: 7.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
118 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH7.8
330 mM1dropNaCl
41 mM1dropCaCl2
550 mMsodium cacodylate1reservoirpH5.5
65 mM1reservoirCaCl2
753-60 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934, 0.9500, 0.9791, 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月9日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9341
20.951
30.97911
40.97941
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 39543 / Num. obs: 38674 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.217 / % possible all: 100
反射
*PLUS
冗長度: 23.1 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Mean I/σ(I) obs: 7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.168 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22863 1982 5.1 %RANDOM
Rwork0.18791 ---
obs0.18998 36644 99.88 %-
all-39543 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.529 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å20 Å20 Å2
2--3.54 Å20 Å2
3----2.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2680 0 8 234 2922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2051.953633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.0533334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.88815526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022057
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.31361
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.5193
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1180.534
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3320.386
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.6540.531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0171.51672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77522679
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7931042
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3044.5954
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.01322714
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.520244
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.771202682
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.243 134
Rwork0.21 2671
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.356-0.8791-0.61662.54540.36222.7301-0.1064-0.0936-0.14550.23370.027-0.07960.180.03420.07940.1660.0173-0.00020.02640.07270.215334.5184.84112.426
24.7887-0.326-0.54151.8453-0.69452.80930.02260.26430.10520.1225-0.1062-0.0499-0.2443-0.0620.08360.15150.0244-0.00910.03360.03440.185624.34220.4961.874
32.1783-0.8166-2.00811.44911.00543.66280.12860.18690.0701-0.1467-0.06710.0574-0.1239-0.0913-0.06140.26490.0548-0.03480.0282-0.0140.153854.78653.0046.598
43.11230.42421.39313.44193.02476.7433-0.1508-0.1235-0.05170.04910.14130.07950.11860.40770.00940.15120.0569-0.00170.0864-0.00990.103270.10740.32917.271
54.1501-2.3501-1.9942.9281.69772.4404-0.0432-0.09260.08850.06750.0647-0.1127-0.02320.0814-0.02150.1972-0.0033-0.01760.02820.04040.198728.94416.0989.127
64.7447-3.5227-2.98494.05222.20962.52880.1199-0.07030.079-0.17820.0302-0.0459-0.19030.113-0.15010.1949-0.0142-0.02360.0965-0.02420.147665.70547.3199.948
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 775 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2AA78 - 14778 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3BC5 - 775 - 77
4X-RAY DIFFRACTION4BC78 - 14778 - 147
5X-RAY DIFFRACTION5EB294 - 3181 - 25
6X-RAY DIFFRACTION6FD294 - 3181 - 25
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.228 / Rfactor Rwork: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.205
LS精密化 シェル
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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