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- PDB-1mup: PHEROMONE BINDING TO TWO RODENT URINARY PROTEINS REVEALED BY X-RA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mup
タイトルPHEROMONE BINDING TO TWO RODENT URINARY PROTEINS REVEALED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY
要素MAJOR URINARY PROTEIN
キーワードPHEROMONE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lipid metabolic process / pheromone binding / negative regulation of lipid biosynthetic process / energy reserve metabolic process / odorant binding / positive regulation of glucose metabolic process / insulin receptor activity / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid / heat generation ...positive regulation of lipid metabolic process / pheromone binding / negative regulation of lipid biosynthetic process / energy reserve metabolic process / odorant binding / positive regulation of glucose metabolic process / insulin receptor activity / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid / heat generation / locomotor rhythm / negative regulation of lipid storage / small molecule binding / negative regulation of gluconeogenesis / aerobic respiration / mitochondrion organization / glucose homeostasis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / extracellular space / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Major urinary protein / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2-(SEC-BUTYL)THIAZOLE / Major urinary protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bocskei, Z. / Flower, D.R. / Groom, C.R. / Phillips, S.E.V. / North, A.C.T.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Pheromone binding to two rodent urinary proteins revealed by X-ray crystallography.
著者: Bocskei, Z. / Groom, C.R. / Flower, D.R. / Wright, C.E. / Phillips, S.E. / Cavaggioni, A. / Findlay, J.B. / North, A.C.
#1: ジャーナル: Experientia / 年: 1992
タイトル: Pheromone Binding Proteins of the Mouse (Mus Musculus)
著者: Bacchini, A. / Gaetani, E. / Cavaggioni, A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystallization of and Preliminary X-Ray Data for the Mouse Major Urinary Protein and Rat Alpha-2U Globulin
著者: Bocskei, Z. / Findlay, J.B.C. / North, A.C.T. / Phillips, S.E.V. / Somers, W.S. / Wright, C.E. / Lionetti, C. / Tirindelli, R. / Cavaggioni, A.
履歴
登録1992年9月21日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR URINARY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7216
ポリマ－19,1301
非ポリマー5915
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.300, 57.300, 110.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 MAJOR URINARY PROTEIN


分子量: 19130.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P02762
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-TZL / 2-(SEC-BUTYL)THIAZOLE / 2-[(R)-1-メチルプロピル]チアゾ-ル


分子量: 141.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11NS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE ENTRY INCLUDES FOUR CADMIUM IONS WITH VARYING OCCUPANCIES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: taken from Bocskei, Z. et al (1991). J. Mol. Biol., 218, 699-701.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
112 mg/mlprotein1drop
230 mMmaleate1drop
440-70 mM1reservoirCdCl2
5200 mMmaleate1reservoir
31drop0.005ml of well solution

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→14 Å / Rfactor Rwork: 0.191 / Rfactor obs: 0.191
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1242 0 13 77 1332
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it9.295
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it10.925
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it8.073
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it11.665
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 14 Å / Rfactor obs: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d0.040.08
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.050.081
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.020.071
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_restr0.150.224
X-RAY DIFFRACTIONt_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONt_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONt_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONt_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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