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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mt3 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Tricorn Interacting Factor Selenomethionine-F1 | ||||||
要素 | Proline iminopeptidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ALPHA-BETA HYDROLASE / CAP DOMAIN / CAGED ACTIVE SITE / PROLYLPEPTIDASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermoplasma acidophilum (好酸性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Goettig, P. / Groll, M. / Kim, J.-S. / Huber, R. / Brandstetter, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2002 タイトル: Structures of the tricorn-interacting aminopeptidase F1 with different ligands explain its catalytic mechanism 著者: Goettig, P. / Groll, M. / Kim, J.-S. / Huber, R. / Brandstetter, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mt3.cif.gz | 69.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mt3.ent.gz | 55.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mt3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mt3_validation.pdf.gz | 429.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mt3_full_validation.pdf.gz | 444 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mt3_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mt3_validation.cif.gz | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/1mt3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/1mt3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is the monomer in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33952.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: TA0830 / プラスミド: pRset6c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P96084, prolyl aminopeptidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MES / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 12% PEG 6000, 100 mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.9788, 0.9795, 0.9500 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月4日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 33131 / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 24.6 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 33131 / % possible obs: 99 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.28 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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