+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ms4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Triclinic form of Trypanosoma cruzi trans-sialidase | ||||||
![]() | trans-sialidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / sialidase / trans-glycosylation / beta-propeller / protein-carbohydrate interaction | ||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Buschiazzo, A. / Amaya, M.F. / Cremona, M.L. / Frasch, A.C. / Alzari, P.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis 著者: Buschiazzo, A. / Amaya, M.F. / Cremona, M.L. / Frasch, A.C. / Alzari, P.M. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 999 | sequence Author indicates that the sequence in the database is incorrect |
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 244.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 203.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 379.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 392.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71389.258 Da / 分子数: 2 / 断片: enzymatic globular core / 変異: N58F, S495K, V496G, E520K, D593G, I597D, H599R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pTrcHisA / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q26964, UniProt: Q26966*PLUS, exo-alpha-sialidase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, Tris.HCl, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.21→38.633 Å / Num. all: 60767 / Num. obs: 60767 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.059 |
反射 シェル | 解像度: 2.21→2.33 Å / Rsym value: 0.094 / % possible all: 86.7 |
反射 | *PLUS 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86.7 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb id 1MZ5 解像度: 2.21→34.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.414 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.21→34.92 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.212→2.269 Å / Total num. of bins used: 20 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 35 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.272 / Rfactor Rwork: 0.215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|