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- PDB-1mpy: STRUCTURE OF CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE (METAPYROCATECHASE) FROM PS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mpy
タイトルSTRUCTURE OF CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE (METAPYROCATECHASE) FROM PSEUDOMONAS PUTIDA MT-2
要素CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / CATECHOL 2 / 3-DIOXYGENASE / EXTRADIOL DIOXYGENASE / NON HEME IRON DIOXYGENASE / METAPYROCATECHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol 2,3-dioxygenase / catechol 2,3-dioxygenase activity / toluene catabolic process / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
: / Catechol 2,3 dioxygenase / Catechol 2,3-dioxygenase-like N-terminal domain / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily ...: / Catechol 2,3 dioxygenase / Catechol 2,3-dioxygenase-like N-terminal domain / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETONE / : / Metapyrocatechase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kita, A. / Kita, S. / Fujisawa, I. / Inaka, K. / Ishida, T. / Horiike, K. / Nozaki, M. / Miki, K.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: An archetypical extradiol-cleaving catecholic dioxygenase: the crystal structure of catechol 2,3-dioxygenase (metapyrocatechase) from Ppseudomonas putida mt-2.
著者: Kita, A. / Kita, S. / Fujisawa, I. / Inaka, K. / Ishida, T. / Horiike, K. / Nozaki, M. / Miki, K.
#1: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1997
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Expressed Pseudomonas Putida Catechol 2,3-Dioxygenase
著者: Kita, A. / Kita, S. / Inaka, K. / Ishida, T. / Horiike, K. / Nozaki, M. / Miki, K.
履歴
登録1998年10月20日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
B: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
C: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
D: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,27112
ポリマ－140,8154
非ポリマー4568
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14790 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area40190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)264.000, 264.000, 59.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.90005, 0.43032, -0.06877), (0.42949, 0.84923, -0.30717), (-0.07378, -0.30601, -0.94917)128.85001, -29.71, 1.29
2given(0.89947, -0.43696, 0.00415), (-0.43694, -0.89948, -0.00434), (0.00563, 0.00209, -0.99998)13.25, 57.57, -8.85
3given(-0.99792, 0.01238, 0.06329), (0.00793, -0.95039, 0.31096), (0.064, 0.31081, 0.94832)142.27, 27.88, -9.12

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要素

#1: タンパク質
CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE / METAPYROCATECHASE / MPC


分子量: 35203.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FE(II) FORM / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: MT-2 / 遺伝子: XYLE / プラスミド: PHT3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): XYLE
発現宿主: Escherichia coli str. K12 substr. W3110 (大腸菌)
株 (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: P06622, catechol 2,3-dioxygenase
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-ACN / ACETONE / アセトン


分子量: 58.079 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細RESIDUE 309S ARE ACETONE MOLECULES ASSIGNED TO THE APPROPRIATE DENSITY FEATURES. ACETONE IS ...RESIDUE 309S ARE ACETONE MOLECULES ASSIGNED TO THE APPROPRIATE DENSITY FEATURES. ACETONE IS INCLUDED AT 10% IN ALL CRYSTAL GROWTH AND STABILIZING SOLUTIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE WEISSENBERG METHOD
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Kita, A., (1997) J.Biochem.(Tokyo), 122, 201.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 %(w/v)sodium citrate1drop
220 mg/mlprotein1drop
326-30 %(w/v)precipitant1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器検出器: FILM
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 46225 / % possible obs: 86 % / Rmerge(I) obs: 0.076

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
WEISデータ削減
DENZOデータ削減
WEISデータスケーリング
タンパク質データスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 2171 5 %
Rwork0.2 --
obs0.2 43306 84 %
原子変位パラメータBiso mean: 14.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9912 0 20 112 10044
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.94
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.97
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.47
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.97
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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