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- PDB-1mps: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER MUTANT WITH PHE M 197 REPLACED WIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mps
タイトルPHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER MUTANT WITH PHE M 197 REPLACED WITH ARG AND TYR M 177 REPLACED WITH PHE (CHAIN M, Y177F, F197R)
要素(PHOTOSYNTHETIC REACTION ...) x 3
キーワードPHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER / TRANSMEMBRANE / ELECTRON TRANSPORT / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


: / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal ...Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / : / PHOSPHATE ION / SPEROIDENONE / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein M chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / : / PHOSPHATE ION / SPEROIDENONE / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein M chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Reaction center protein H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Mcauley-Hecht, K.E. / Fyfe, P.K. / Ridge, J.P. / Prince, S. / Hunter, C.N. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. / Jones, M.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structural studies of wild-type and mutant reaction centers from an antenna-deficient strain of Rhodobacter sphaeroides: monitoring the optical properties of the complex from bacterial cell to crystal.
著者: McAuley-Hecht, K.E. / Fyfe, P.K. / Ridge, J.P. / Prince, S.M. / Hunter, C.N. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. / Jones, M.R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Construction and Characterization of a Mutant of Rhodobacter Sphaeroides with the Reaction Center as the Sole Pigment-Protein Complex
著者: Jones, M.R. / Visschers, R.W. / Van Grondelle, R. / Hunter, C.N.
履歴
登録1998年3月9日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
M: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
H: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,39017
ポリマ－93,8053
非ポリマー8,58514
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34560 Å2
ΔGint-236 kcal/mol
Surface area30480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.900, 141.900, 187.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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PHOTOSYNTHETIC REACTION ... , 3種, 3分子 LMH

#1: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER


分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 変異: CHAIN M, Y177F, F197R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: NCIB 8253 / プラスミド: PRKEH10D / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASMIC MEMBRANE / 遺伝子 (発現宿主): PUFQLMX / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): FM197R/YM177F / 参照: UniProt: P02954, UniProt: P0C0Y8*PLUS
#2: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER


分子量: 34392.562 Da / 分子数: 1 / 変異: CHAIN M, Y177F, F197R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: NCIB 8253 / プラスミド: PRKEH10D / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASMIC MEMBRANE / 遺伝子 (発現宿主): PUFQLMX / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): FM197R/YM177F / 参照: UniProt: P02953, UniProt: P0C0Y9*PLUS
#3: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER


分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 変異: CHAIN M, Y177F, F197R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: NCIB 8253 / プラスミド: PRKEH10D / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASMIC MEMBRANE / 遺伝子 (発現宿主): PUFQLMX / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): FM197R/YM177F / 参照: UniProt: P11846, UniProt: P0C0Y7*PLUS

-
非ポリマー , 8種, 114分子

#4: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#5: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#6: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#7: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#8: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#9: 化合物 ChemComp-SPN / SPEROIDENONE


分子量: 594.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H70O2
#10: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 76 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.75 Mpotassium phosphate1drop
22 %(v/v)1,4-dioxane1drop
33.5 %(w/v)heptane-1,2,3-triol1drop
41.6 Mpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→11 Å / Num. obs: 54163 / % possible obs: 77 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 83
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PCR

1pcr


解像度: 2.55→11 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 5503 10.2 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 54127 76.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6468 0 587 100 7155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.09
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 584 11.1 %
Rwork0.313 5277 -
obs--83 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg20.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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