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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mps | ||||||
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タイトル | PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER MUTANT WITH PHE M 197 REPLACED WITH ARG AND TYR M 177 REPLACED WITH PHE (CHAIN M, Y177F, F197R) | ||||||
![]() | (PHOTOSYNTHETIC REACTION ...) x 3 | ||||||
![]() | PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER / TRANSMEMBRANE / ELECTRON TRANSPORT / PHOTOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mcauley-Hecht, K.E. / Fyfe, P.K. / Ridge, J.P. / Prince, S. / Hunter, C.N. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. / Jones, M.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies of wild-type and mutant reaction centers from an antenna-deficient strain of Rhodobacter sphaeroides: monitoring the optical properties of the complex from bacterial cell to crystal. 著者: McAuley-Hecht, K.E. / Fyfe, P.K. / Ridge, J.P. / Prince, S.M. / Hunter, C.N. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. / Jones, M.R. #1: ![]() タイトル: Construction and Characterization of a Mutant of Rhodobacter Sphaeroides with the Reaction Center as the Sole Pigment-Protein Complex 著者: Jones, M.R. / Visschers, R.W. / Van Grondelle, R. / Hunter, C.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 154 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1pcrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-PHOTOSYNTHETIC REACTION ... , 3種, 3分子 LMH
#1: タンパク質 | 分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 変異: CHAIN M, Y177F, F197R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NCIB 8253 / プラスミド: PRKEH10D / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASMIC MEMBRANE / 遺伝子 (発現宿主): PUFQLMX / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 34392.562 Da / 分子数: 1 / 変異: CHAIN M, Y177F, F197R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NCIB 8253 / プラスミド: PRKEH10D / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASMIC MEMBRANE / 遺伝子 (発現宿主): PUFQLMX / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 変異: CHAIN M, Y177F, F197R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NCIB 8253 / プラスミド: PRKEH10D / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASMIC MEMBRANE / 遺伝子 (発現宿主): PUFQLMX / 発現宿主: ![]() |
-非ポリマー , 8種, 114分子 ![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/SPN.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/SPN.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-BCL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-FE2 / | #8: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #9: 化合物 | ChemComp-SPN / | #10: 化合物 | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 76 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→11 Å / Num. obs: 54163 / % possible obs: 77 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 83 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PCR 解像度: 2.55→11 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 40 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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