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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mot | ||||||
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タイトル | NMR Structure Of Extended Second Transmembrane Domain Of Glycine Receptor alpha1 Subunit in SDS Micelles | ||||||
要素 | Glycine Receptor alpha-1 CHAIN | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / glycine receptor / second transmembrane domain / micelles (ミセル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 taurine binding / response to alcohol / negative regulation of transmission of nerve impulse / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / positive regulation of acrosome reaction / 先体反応 / neuromuscular process controlling posture / inhibitory synapse / righting reflex / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process ...taurine binding / response to alcohol / negative regulation of transmission of nerve impulse / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / positive regulation of acrosome reaction / 先体反応 / neuromuscular process controlling posture / inhibitory synapse / righting reflex / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / synaptic transmission, glycinergic / glycinergic synapse / inhibitory postsynaptic potential / cellular response to ethanol / adult walking behavior / chloride transport / cellular response to zinc ion / glycine binding / startle response / chloride channel complex / neuropeptide signaling pathway / neuronal action potential / response to amino acid / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / 視覚 / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / muscle contraction / cellular response to amino acid stimulus / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane / perikaryon / neuron projection / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / シナプス / 樹状突起 / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry, simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Yushmanov, V.E. / Mandal, P.K. / Liu, Z. / Tang, P. / Xu, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: NMR Structure and Backbone Dynamics of the Extended Second Transmembrane Domain of the Human Neuronal Glycine Receptor Alpha1 Subunit 著者: Yushmanov, V.E. / Mandal, P.K. / Liu, Z. / Tang, P. / Xu, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mot.cif.gz | 180.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mot.ent.gz | 151.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mot.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/1mot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/1mot | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2804.249 Da / 分子数: 1 / 断片: Extented second transmembrane domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLRA1 / プラスミド: pGEX-3X / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P23415 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using standard 2D homonuclear and triple-resonance NMR spectroscopy. |
-試料調製
詳細 | 内容: SDS concentration: 300 mM Peptide concentration: 2 mM 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 300 mM SDS concentration / pH: 5.0 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K |
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: the structures are based on a total of 187 restraints, 169 are NOE-derived distance constraints,18 distance restraints from hydrogen bonds | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |