PDB-1mnl: HIGH-RESOLUTION SOLUTION STRUCTURE OF A SWEET PROTEIN SINGLE-CHAI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mnl

タイトル

HIGH-RESOLUTION SOLUTION STRUCTURE OF A SWEET PROTEIN SINGLE-CHAIN MONELLIN (SCM) DETERMINED BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY AND DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING CALCULATIONS, 21 STRUCTURES

要素

MONELLIN

キーワード

SWEET PROTEIN / SWEET RECEPTOR BINDING / ALPHA/BETA MOTIF

機能・相同性

機能・相同性情報

Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin / Monellin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Dioscoreophyllum cumminsii (植物)

手法

溶液NMR / HYBRID GEOMETRY, DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING CALCULATIONS

データ登録者

Lee, S.-Y. / Lee, J.-H. / Chang, H.-J. / Jo, J.-M. / Jung, J.-W. / Lee, W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Solution structure of a sweet protein single-chain monellin determined by nuclear magnetic resonance and dynamical simulated annealing calculations.
著者: Lee, S.Y. / Lee, J.H. / Chang, H.J. / Cho, J.M. / Jung, J.W. / Lee, W.

履歴

登録	1998年8月6日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1999年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mnl.cif.gz	631.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mnl.ent.gz	524.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mnl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1mnl_validation.pdf.gz	359.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1mnl_full_validation.pdf.gz	620.7 KB	表示
XML形式データ	1mnl_validation.xml.gz	90.1 KB	表示
CIF形式データ	1mnl_validation.cif.gz	122.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/1mnl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/1mnl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4rms-d 5cs7-d 4fxl-d 4rmq-d 4rmt-d 1nre-d 1lds-d 5ghl-2 2yxf-d 3dhj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: MONELLIN

11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	21 / 50	0.5A, 5 DEGREES
代表モデル	モデル #21

#1: タンパク質	MONELLIN / SCM 分子量: 11083.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02881

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	TOCSY
1	2	1	NOESY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1	1H-15N HSQC
1	5	1	1H-15N HMQC-J
1	6	1	1H-15N NOESY-HSQC
1	7	1	1H-15N HOHAHA-HMQC

NMR実験の詳細

Text: 2D-TOCSY, NOESY, DQF-COSY, 1H-15N HSQC, 1H-15N HMQC-J 3D-1H-15N NOESY-HSQC, 1H-15N HOHAHA-HMQC

-
試料調製

試料状態	pH: 7.0 / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX600 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.8	モデル構築
X-PLOR	3.8	精密化
X-PLOR	3.8	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.81	BRUNGER	精密化
X-PLOR	3.81		構造決定

精密化

手法: HYBRID GEOMETRY, DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING CALCULATIONS
ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: 0.5A, 5 DEGREES / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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