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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mn2 | |||||||||
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タイトル | MANGANESE PEROXIDASE SUBSTRATE BINDING SITE MUTANT E35Q, D179N | |||||||||
要素 | MANGANESE PEROXIDASE | |||||||||
キーワード | PEROXIDASE / DONOR: H2O2 OXIDOREDUCTASE / HEME ENZYME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 manganese peroxidase / manganese peroxidase activity / lignin catabolic process / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Phanerochaete chrysosporium (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Sundaramoorthy, M. / Poulos, T.L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997 タイトル: Crystal structures of substrate binding site mutants of manganese peroxidase. 著者: Sundaramoorthy, M. / Kishi, K. / Gold, M.H. / Poulos, T.L. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: The Crystal Structure of Manganese Peroxidase from Phanerochaete Chrysosporium at 2.06-A Resolution 著者: Sundaramoorthy, M. / Kishi, K. / Gold, M.H. / Poulos, T.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mn2.cif.gz | 82.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mn2.ent.gz | 64.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mn2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mn2_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mn2_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1mn2_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mn2_validation.cif.gz | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/1mn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/1mn2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37481.000 Da / 分子数: 1 / 変異: E35Q, D179N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 株: OGC101 / 解説: WOOD-ROTTING FUNGUS / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / 遺伝子: MNP1 / Variant: OGC107-1 / プラスミド: PUC18 / 遺伝子 (発現宿主): MNP1 / 発現宿主: Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 株 (発現宿主): OGC107-1 (ADE1) / Variant (発現宿主): D179N-6 / 参照: UniProt: Q02567, manganese peroxidase | ||||
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-HEM / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 % 解説: NATIVE STRUCTURE (CODE :1MNP) WAS USED AS THE STARTING MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 30% PEG 8000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年10月3日 / 詳細: SUPPER MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 27424 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.2 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.294 / % possible all: 98 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 91040 / Rmerge(I) obs: 0.1061 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 25117 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |