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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mks | ||||||
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タイトル | CARBOXYLIC ESTER HYDROLASE, TRIGONAL FORM OF THE TRIPLE MUTANT | ||||||
![]() | PHOSPHOLIPASE A2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / ENZYME / CARBOXYLIC ESTER HYDROLASE / TRIGONAL FORM | ||||||
機能・相同性 | ![]() Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of podocyte apoptotic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity ...Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of podocyte apoptotic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / bile acid binding / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / innate immune response in mucosa / phospholipid binding / fatty acid biosynthetic process / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of fibroblast proliferation / antibacterial humoral response / defense response to Gram-positive bacterium / signaling receptor binding / calcium ion binding / cell surface / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Sundaralingam, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Phospholipase A2 engineering. Structural and functional roles of the highly conserved active site residue aspartate-99. 著者: Sekar, K. / Yu, B.Z. / Rogers, J. / Lutton, J. / Liu, X. / Chen, X. / Tsai, M.D. / Jain, M.K. / Sundaralingam, M. #1: ![]() タイトル: Phospholipase A2 Engineering. Deletion of the C-Terminus Segment Changes Substrate Specificity and Uncouples Calcium and Substrate Binding at the Zwitterionic Interface 著者: Huang, B. / Yu, B.Z. / Rogers, J. / Byeon, I.J. / Sekar, K. / Chen, X. / Sundaralingam, M. / Tsai, M.D. / Jain, M.K. #2: ![]() タイトル: Phospholipase A2 Engineering. X-Ray Structural and Functional Evidence for the Interaction of Lysine-56 with Substrates 著者: Noel, J.P. / Bingman, C.A. / Deng, T.L. / Dupureur, C.M. / Hamilton, K.J. / Jiang, R.T. / Kwak, J.G. / Sekharudu, C. / Sundaralingam, M. / Tsai, M.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 411.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 415.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13777.520 Da / 分子数: 1 / 変異: Y52F, Y73F, D99N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TRIGONAL FORM OF THE TRIPLE MUTANT / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD FROM DROPLETS CONTAINING 5 (MICRO)L OF THE MUTANT PROTEIN (15MG/ML) 5MM CACL2, 50MM TRIS BUFFER, PH 7.2 AND 2 (MICRO)L OF 75% ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD FROM DROPLETS CONTAINING 5 (MICRO)L OF THE MUTANT PROTEIN (15MG/ML) 5MM CACL2, 50MM TRIS BUFFER, PH 7.2 AND 2 (MICRO)L OF 75% MPD AND (50%) OF MPD IN THE RESERVOIR, vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→15 Å / Num. obs: 7346 / % possible obs: 8 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.069 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / % possible all: 29 |
反射 | *PLUS % possible obs: 64 % / Num. measured all: 12043 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 29 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: THE ATOMIC COORDINATES OF THE NEW HIGH RESOLUTION REFINEMENT OF THE TRIGONAL FORM OF THE NATIVE ENZYME WERE USED AS THE STARTING MODEL (PDB ENTRY 1MKT). 開始モデル: WILD TYPE 解像度: 1.9→8 Å / σ(F): 2 /
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.312 |