PDB-1mgw: Crystal structure of RNase Sa3, cytotoxic microbial ribonuclease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mgw

タイトル

Crystal structure of RNase Sa3, cytotoxic microbial ribonuclease

要素

Guanyl-specific ribonuclease Sa3

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta protein / UB rolls

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonuclease T1 / ribonuclease T1 activity / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces aureofaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Sevcik, J. / Urbanikova, L. / Leland, P.A. / Raines, R.T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Links X-ray Structure of Two Crystalline Forms of a Streptomycete Ribonuclease with Cytotoxic Activity
著者: Sevcik, J. / Urbanikova, L. / Leland, P.A. / Raines, R.T.

履歴

登録	2002年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年11月16日	Group: Atomic model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mgw.cif.gz	53.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mgw.ent.gz	42.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mgw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1mgw_validation.pdf.gz	402.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1mgw_full_validation.pdf.gz	402.3 KB	表示
XML形式データ	1mgw_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	1mgw_validation.cif.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/1mgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/1mgw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mgrC 1rggS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zgp-d 1lkl-d 5gjh-2 4wco-2 1ijr-d 6r12-3 6jk4-d 5amj-1 1fbz-2 2m16-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Guanyl-specific ribonuclease Sa3

ヘテロ分子

11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.720, 64.720, 69.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Cell setting	trigonal
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1043- HOH
2	1	A-1044- HOH

#1: タンパク質	Guanyl-specific ribonuclease Sa3 / E.C.3.1.27.3 / RNase Sa3 分子量: 11057.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア) 株: CCM3239 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30289, EC: 3.1.27.3
#2: 化合物	ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 68 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Tris, HCl, HEPES, lithium sulphate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K

結晶化

*PLUS

pH: 8.2

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	0.10 M	HEPES	1	reservoir	pH7.6
2	1.6 M		1	reservoir		Li2SO4
3	0.05 M	Tris-HCl	1	drop	pH8.2
4	7.5 mg/ml	protein	1	drop
5	0.05 M	HEPES	1	drop
6	0.8 M		1	drop		Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: X31 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月14日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→29.6 Å / Num. all: 11799 / Num. obs: 11799 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 31.6
反射シェル	解像度: 2→2.02 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 390 / % possible all: 99.5
反射	PLUS 最高解像度: 2 Å / % possible obs: 100 % / R_merge(I) obs*: 0.06

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
AMoRE	位相決定
REFMAC	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RGG

1rgg

解像度: 2→29 Å / SU B: 8.861 / SU ML: 0.126 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	559	5 %	RANDOM
R_work	0.154	-	-	-
all	0.155	11799	-	-
obs	0.155	11760	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.813 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.09 Å²	1.05 Å²	0 Å²
2-	-	2.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	782	0	1	145	928

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.021	0.021
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg	1.831	1.931
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	1.831	1.931
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord	0.171	0.5
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it	1.642	1.5
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it	2.56	2
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it	3.836	3
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it	5.842	4.5
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr	0.008	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr	0.105	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.831
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.479
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.56
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.836
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.842
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	14.373
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.616
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.954

LS精密化シェル

解像度: 2→2.02 Å /

	反射数	%反射
obs	390	99.5 %

精密化

*PLUS

最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 29.6 Å / R_factor R_free: 0.214

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

タイプ: p_chiral_restr / Dev ideal target: 0.2

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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