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万見
- PDB-1mfj: 3' Stem-Loop from Human U4 SNRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mfj
タイトル3' Stem-Loop from Human U4 SNRNA
要素5'-R(*GP*AP*CP*AP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*AP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*UP*G)-3'
キーワードRNA / RIBONUCLEIC ACID / RNA OLIGONUCLEOTIDE / STEM-AND-LOOP / U4 SMALL NUCLEAR RNA / UACG TETRALOOP
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / complete relaxation matrix; random error analysis of NOE; torsion angle dynamics; simulated annealing using Metropolis Monte Carlo; restrained minimization
データ登録者Comolli, L.R. / Ulyanov, N.B. / James, T.L. / Gmeiner, W.H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2002
タイトル: NMR Structure of the 3' Stem-Loop from Human U4 snRNA
著者: Comolli, L.R. / Ulyanov, N.B. / Soto, A.M. / Marky, L.A. / James, T.L. / Gmeiner, W.H.
履歴
登録2002年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*AP*CP*AP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*AP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*UP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4231
ポリマ－6,4231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 15Lowest total energy (a weighted sum of conformational energy and restraint energy).
代表モデルモデル #1lowest total energy

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*AP*CP*AP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*AP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*UP*G)-3'


分子量: 6422.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence is part of human U4 snRNA.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2222D NOESY
131DQF-COSY
1412D TOCSY
151natural abundance 13C-HMQC
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques and complete relaxation matrix analysis of NOE intensities.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM RNA; 10 mM sodium phosphate buffer; 50 mM sodium chlorideD2O
21 mM RNA; 10 mM sodium phosphate buffer; 50 mM sodium chloride90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110 mM sodium phosphate & 50 mM NaCl 6.4ambient 303 K
210 mM sodium phosphate & 50 mM NaCl 6.4ambient 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1Varian Associates, Inc.collection
NMRPipe2.1Delaglio解析
Sparky3Goddard & Knellerデータ解析
MARDIGRAS3.2Borgias et al.iterative matrix relaxation
DYANA1.5Guentert精密化
miniCarloUlyanov et al.精密化
精密化手法: complete relaxation matrix; random error analysis of NOE; torsion angle dynamics; simulated annealing using Metropolis Monte Carlo; restrained minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: Structures are based on 200 distance restraints, of which 140 are quantitative bounds for nonexchangeable protons calculated with MARDIGRAS, 56 are upper bounds for exchangeable protons, and ...詳細: Structures are based on 200 distance restraints, of which 140 are quantitative bounds for nonexchangeable protons calculated with MARDIGRAS, 56 are upper bounds for exchangeable protons, and 4 are hydrogen bond restraints.
代表構造選択基準: lowest total energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Lowest total energy (a weighted sum of conformational energy and restraint energy).
計算したコンフォーマーの数: 15 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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