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- PDB-1mdt: THE REFINED STRUCTURE OF MONOMERIC DIPHTHERIA TOXIN AT 2.3 ANGSTR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mdt
タイトルTHE REFINED STRUCTURE OF MONOMERIC DIPHTHERIA TOXIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION
要素DIPHTHERIA TOXIN
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / Uptake and function of diphtheria toxin / protein transmembrane transporter activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Diphtheria toxin, translocation domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain superfamily / Diphtheria toxin, R domain / Diphtheria toxin (NAD+-dipthamide ADP-ribosyltransferase) / Diphtheria toxin, catalytic domain / Diphtheria toxin, C domain / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain ...Diphtheria toxin, translocation domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain superfamily / Diphtheria toxin, R domain / Diphtheria toxin (NAD+-dipthamide ADP-ribosyltransferase) / Diphtheria toxin, catalytic domain / Diphtheria toxin, C domain / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Globin-like / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENYLYL-3'-5'-PHOSPHO-URIDINE-3'-MONOPHOSPHATE / Diphtheria toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Corynephage beta (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bennett, M.J. / Eisenberg, D.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: Refined structure of monomeric diphtheria toxin at 2.3 A resolution.
著者: Bennett, M.J. / Eisenberg, D.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Domain Swapping: Entangling Alliances between Proteins
著者: Bennett, M.J. / Choe, S. / Eisenberg, D.
履歴
登録1994年3月21日処理サイト: BNL
改定 1.01994年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700SHEET SHEET R1 IS NOT A CLOSED BARREL, BUT IT IS CLOSED ON ONE SIDE AND FLATTENED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIPHTHERIA TOXIN
B: DIPHTHERIA TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,1294
ポリマ－116,8232
非ポリマー1,3072
水7,134396
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.500, 135.500, 47.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9995, -0.0296, -0.0078), (-0.0297, 0.9996, 0.0027), (0.0078, 0.0029, -1)
ベクター: -67.1061, -1.5167, 93.8764)

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要素

#1: タンパク質 DIPHTHERIA TOXIN


分子量: 58411.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Corynephage beta (ファージ) / 属: Lambda-like viruses / 参照: UniProt: P00588
#2: 化合物 ChemComp-APU / ADENYLYL-3'-5'-PHOSPHO-URIDINE-3'-MONOPHOSPHATE / 3′,5′-ApU-3′-P


分子量: 653.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25N7O15P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: microseeding and macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
217 %(w/v)PEG80001reservoir
31.0 M1reservoirNaCl
40.05 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.207 --
obs-42844 88.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8042 0 86 396 8524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.207
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d2.4
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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