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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mdo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ArnB aminotransferase with pyridomine 5' phosphate | ||||||
![]() | ArnB aminotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / type 1 aminotransferase fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose aminotransferase / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose aminotransferase / polysaccharide biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / lipid A biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Noland, B.W. / Newman, J.M. / Hendle, J. / Badger, J. / Christopher, J.A. / Tresser, J. / Buchanan, M.D. / Wright, T. / Rutter, M.E. / Sanderson, W.E. ...Noland, B.W. / Newman, J.M. / Hendle, J. / Badger, J. / Christopher, J.A. / Tresser, J. / Buchanan, M.D. / Wright, T. / Rutter, M.E. / Sanderson, W.E. / Muller-Dieckmann, H.-J. / Gajiwala, K. / Sauder, J.M. / Buchanan, S.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies of Salmonella typhimurium ArnB (PmrH) aminotransferase: A 4-amino-4-deoxy-L-arabinose lipopolysaccharide modifying enzyme 著者: Noland, B.W. / Newman, J.M. / Hendle, J. / Badger, J. / Christopher, J.A. / Tresser, J. / Buchanan, M.D. / Wright, T. / Rutter, M.E. / Sanderson, W.E. / Muller-Dieckmann, H.-J. / Gajiwala, K. / Buchanan, S.G. #1: ![]() タイトル: Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project 著者: Badger, J. / Sauder, J.M. / Adams, J.M. / Antonysamy, S. / Bain, K. / Bergseid, M.G. / Buchanan, S.G. / Buchanan, M.D. / Batiyenko, Y. / Christopher, J.A. / Emtage, S. / Eroshkina, A. / Feil, ...著者: Badger, J. / Sauder, J.M. / Adams, J.M. / Antonysamy, S. / Bain, K. / Bergseid, M.G. / Buchanan, S.G. / Buchanan, M.D. / Batiyenko, Y. / Christopher, J.A. / Emtage, S. / Eroshkina, A. / Feil, I. / Furlong, E.B. / Gajiwala, K.S. / Gao, X. / He, D. / Hendle, J. / Huber, A. / Hoda, K. / Kearins, P. / Kissinger, C. / Laubert, B. / Lewis, H.A. / Lin, J. / Loomis, K. / Lorimer, D. / Louie, G. / Maletic, M. / Marsh, C.D. / Miller, I. / Molinari, J. / Muller-Dieckmann, H.J. / Newman, J.M. / Noland, B.W. / Pagarigan, B. / Park, F. / Peat, T.S. / Post, K.W. / Radojicic, S. / Ramos, A. / Romero, R. / Rutter, M.E. / Sanderson, W.E. / Schwinn, K.D. / Tresser, J. / Winhoven, J. / Wright, T.A. / Wu, L. / Xu, J. / Harris, T.J.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 459.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43441.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PMP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.99 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: sodium citrate, PEG 10000, beta-mercaptoethanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→29.57 Å / Num. all: 60130 / Num. obs: 60130 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 29.6 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.7 % / Num. measured all: 827017 / Rmerge(I) obs: 0.127 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 1.609 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.57 Å
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.217 / Rfactor Rwork: 0.21 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 5 Å / Num. reflection obs: 57454 |