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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m8y | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE PUMILIO-HOMOLOGY DOMAIN FROM HUMAN PUMILIO1 IN COMPLEX WITH NRE2-10 RNA | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / Pumilio-homology domain / Puf domain / Nanos response element / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of miRNA-mediated gene silencing / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / regulation of chromosome segregation / positive regulation of RIG-I signaling pathway / post-transcriptional gene silencing / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA processing / miRNA binding / post-transcriptional regulation of gene expression / Golgi Associated Vesicle Biogenesis ...regulation of miRNA-mediated gene silencing / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / regulation of chromosome segregation / positive regulation of RIG-I signaling pathway / post-transcriptional gene silencing / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA processing / miRNA binding / post-transcriptional regulation of gene expression / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / mRNA destabilization / regulation of mRNA stability / adult locomotory behavior / mRNA 3'-UTR binding / stem cell differentiation / P-body / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / spermatogenesis / regulation of cell cycle / axon / RNA binding / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X. / McLachlan, J. / Zamore, P.D. / Hall, T.M.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: CELL(CAMBRIDGE,MASS.) / 年: 2002 タイトル: MODULAR RECOGNITION OF RNA BY A HUMAN PUMILIO-HOMOLOGY DOMAIN 著者: Wang, X. / McLachlan, J. / Zamore, P.D. / Hall, T.M.T. #1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of a Pumilio Homology Domain 著者: Wang, X. / Zamore, P.D. / Hall, T.M.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m8y.cif.gz | 165.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1m8y.ent.gz | 129.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m8y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1m8y_validation.pdf.gz | 465 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1m8y_full_validation.pdf.gz | 494.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1m8y_validation.xml.gz | 33.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1m8y_validation.cif.gz | 48 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/1m8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/1m8y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | Two biological units are contained in the asymmetric unit. |
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3146.917 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence occurs naturally in Drosophila melanogaster #2: タンパク質 | 分子量: 40364.523 Da / 分子数: 2 / Fragment: Pumilio-homology domain, Residues 828-1176 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTYB3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14671 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.31 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 3350, lithium sulfate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.0093 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0093 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→500 Å / Num. all: 20508 / Num. obs: 20508 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2036 / Rsym value: 0.397 / % possible all: 89.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 500 Å / Rmerge(I) obs: 0.111 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.5 % / Num. unique obs: 2036 / Rmerge(I) obs: 0.397 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1IB3 1ib3 解像度: 2.6→37.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.0252 Å2 / ksol: 0.322333 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.6 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.44 Å / Luzzati sigma a free: 0.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.218 / Rfactor obs: 0.214 / Rfactor Rfree: 0.286 / Rfactor Rwork: 0.214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.347 / Rfactor Rwork: 0.286 |