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- PDB-1m8y: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PUMILIO-HOMOLOGY DOMAIN FROM HUMAN PUMIL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m8y
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE PUMILIO-HOMOLOGY DOMAIN FROM HUMAN PUMILIO1 IN COMPLEX WITH NRE2-10 RNA
要素
  • 5'-R(P*AP*UP*UP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*A)-3'
  • Pumilio 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Pumilio-homology domain / Puf domain / Nanos response element / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of miRNA-mediated gene silencing / post-transcriptional gene silencing / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / regulation of chromosome segregation / positive regulation of RIG-I signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA processing / miRNA binding / post-transcriptional regulation of gene expression / Golgi Associated Vesicle Biogenesis ...regulation of miRNA-mediated gene silencing / post-transcriptional gene silencing / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / regulation of chromosome segregation / positive regulation of RIG-I signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA processing / miRNA binding / post-transcriptional regulation of gene expression / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / mRNA destabilization / regulation of mRNA stability / adult locomotory behavior / mRNA 3'-UTR binding / stem cell differentiation / P-body / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / spermatogenesis / regulation of cell cycle / axon / RNA binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical ...Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Pumilio homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang, X. / McLachlan, J. / Zamore, P.D. / Hall, T.M.T.
引用
ジャーナル: CELL(CAMBRIDGE,MASS.) / 年: 2002
タイトル: MODULAR RECOGNITION OF RNA BY A HUMAN PUMILIO-HOMOLOGY DOMAIN
著者: Wang, X. / McLachlan, J. / Zamore, P.D. / Hall, T.M.T.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of a Pumilio Homology Domain
著者: Wang, X. / Zamore, P.D. / Hall, T.M.T.
履歴
登録2002年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-R(P*AP*UP*UP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*A)-3'
D: 5'-R(P*AP*UP*UP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*A)-3'
A: Pumilio 1
B: Pumilio 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0234
ポリマ－87,0234
非ポリマー00
水6,125340
1
C: 5'-R(P*AP*UP*UP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*A)-3'
A: Pumilio 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5112
ポリマ－43,5112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 5'-R(P*AP*UP*UP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*A)-3'
B: Pumilio 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5112
ポリマ－43,5112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.840, 59.730, 340.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Two biological units are contained in the asymmetric unit.

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(P*AP*UP*UP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*A)-3'


分子量: 3146.917 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in Drosophila melanogaster
#2: タンパク質 Pumilio 1


分子量: 40364.523 Da / 分子数: 2 / Fragment: Pumilio-homology domain, Residues 828-1176 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTYB3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14671
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 3350, lithium sulfate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15.5 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1droppH7.4
3150 mM1dropNaCl
42 mMdithiothreitol1drop
514 %(w/v)PEG33501reservoir
6100 mM1reservoirLi2SO4
7100 mMsodium citrate1reservoirpH5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.0093 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0093 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→500 Å / Num. all: 20508 / Num. obs: 20508 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2036 / Rsym value: 0.397 / % possible all: 89.5
反射
*PLUS
最低解像度: 500 Å / Rmerge(I) obs: 0.111
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.5 % / Num. unique obs: 2036 / Rmerge(I) obs: 0.397

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IB3

1ib3
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.6→37.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1142 5.8 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.218 20508 --
obs0.214 19759 83.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.0252 Å2 / ksol: 0.322333 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å20 Å2
2---5.41 Å20 Å2
3---4.59 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.44 Å / Luzzati sigma a free: 0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5541 422 0 340 6303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.911.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.612.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 173 5.4 %
Rwork0.286 3002 -
obs--82.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3BME.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4DNA-RNA_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.218 / Rfactor obs: 0.214 / Rfactor Rfree: 0.286 / Rfactor Rwork: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0069
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.347 / Rfactor Rwork: 0.286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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