PDB-1m7v: STRUCTURE OF A NITRIC OXIDE SYNTHASE HEME PROTEIN FROM BACILLUS S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1m7v

タイトル

STRUCTURE OF A NITRIC OXIDE SYNTHASE HEME PROTEIN FROM BACILLUS SUBTILIS WITH TETRAHYDROFOLATE AND ARGININE BOUND

要素

Nitric Oxide Synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / pterin oxygenase / bacteria / nitric oxide / heme

機能・相同性

機能・相同性情報

nitric-oxide synthase (flavodoxin) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide biosynthetic process / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Pant, K. / Bilwes, A.M. / Adak, S. / Stuehr, D.J. / Crane, B.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structure of a nitric oxide synthase heme protein from Bacillus subtilis.
著者: Pant, K. / Bilwes, A.M. / Adak, S. / Stuehr, D.J. / Crane, B.R.

履歴

登録	2002年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

Remark 999

SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THIS SEQUENCE OF CHAIN A HAS NOT YET BEEN DEPOSITED IN A ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1m7v.cif.gz	90.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1m7v.ent.gz	72.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1m7v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1m7v_validation.pdf.gz	535.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1m7v_full_validation.pdf.gz	541.2 KB	表示
XML形式データ	1m7v_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	1m7v_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/1m7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/1m7v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1m7zC 1dwwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4d7i-1 4d3m-1 4lwa-2 5g6i-1 5g6a-1 4d3v-1 4ugn-1 5g6c-1 5g69-1 5g6j-1 5g6m-1 5g6d-1 4uqs-1 4ugu-1 2an2-1 4ugw-1 4ugf-1 4ugv-1 4ugr-1 4ugi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Nitric Oxide Synthase

ヘテロ分子

43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nitric Oxide Synthase

ヘテロ分子

A: Nitric Oxide Synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
86.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.155, 92.553, 62.939
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2329- HOH

詳細

The second half of the biologically active dimer is generated by the crystallographic two fold axis: -x, -y, z

#1: タンパク質	Nitric Oxide Synthase 分子量: 42097.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: pet15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) / 参照: UniProt: O34453, nitric-oxide synthase (NADPH)
#2: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-THG / (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE / (6S)-テトラヒドロ葉酸分子量: 445.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₃N₇O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.17 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG 8K, potassium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

結晶化

*PLUS

温度: 22 ℃ / pH: 7.5

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	45 mg/ml	protein	1	drop
2	33 mM	THF	1	drop
3	50 mM	Tris	1	drop	pH7.5
4	150 mM		1	drop		NaCl
5	2 mM	dithiothreitol	1	drop
6	100 mM	sodium cacodylate	1	reservoir	pH6.0-6.8
7	200 mM	potassium acetate	1	reservoir
8	16-21 %	PEG8000	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.916 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月24日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→30 Å / Num. all: 44343 / Num. obs: 44343 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.3 Å² / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 27.5
反射シェル	解像度: 1.94→1.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / R_sym value: 0.399 / % possible all: 99.7
反射	PLUS Num. measured all: 395408 / R_merge(I) obs*: 0.059
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.7 % / R_merge(I) obs*: 0.399

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DWW

1dww

解像度: 1.95→29.8 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1406462.31 / Data cutoff high rms absF: 1406462.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The glutamate moiety of tetrahydrofolate is not well ordered and likely has alternate conformations

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	1748	5 %	RANDOM
R_work	0.225	-	-	-
all	-	44343	-	-
obs	-	44343	99.7 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 27.1565 Å² / k_sol: 0.338359 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-12.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.36 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.3 Å	0.27 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.29 Å	0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2933	0	87	258	3278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.6
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.55
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	0.98	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.67	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.41	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.2	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.07 Å / R_factor R_free error: 0.02 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	276	4.8 %
R_work	0.322	5496	-
obs	-	-	99.9 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	PARAM19X.HEME	TOPH19X.HEME
X-RAY DIFFRACTION	3	WATER.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	THF-8.PARAM	THF-6.TOP
X-RAY DIFFRACTION	5	ARG.PARAM	ARG.TOP

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.94 Å / % reflection R_free: 10 % / R_factor R_free: 0.239 / R_factor R_work: 0.225

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.51
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	23.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.55

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.94 Å / 最低解像度: 1.98 Å / R_factor R_free: 0.333 / R_factor R_work: 0.322

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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