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万見
- PDB-1m6v: Crystal Structure of the G359F (small subunit) Point Mutant of Ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m6v
タイトルCrystal Structure of the G359F (small subunit) Point Mutant of Carbamoyl Phosphate Synthetase
要素
  • carbamoyl phosphate synthetase large chain
  • carbamoyl-phosphate synthetase small chain
キーワードLIGASE / substrate channeling / tunnel
機能・相同性
機能・相同性情報


carbamoyl-phosphate synthase complex / : / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / L-arginine biosynthetic process / glutamine metabolic process ...carbamoyl-phosphate synthase complex / : / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / L-arginine biosynthetic process / glutamine metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase large chain, methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4 / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / : / Methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit ...Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase large chain, methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4 / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / : / Methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit / Carbamoyl-phosphate synthase, large subunit / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, GATase1 domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Glucose Oxidase; domain 1 / Rossmann fold - #20 / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / ATP-grasp fold, A domain / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / Class I glutamine amidotransferase-like / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / : / TETRAETHYLAMMONIUM ION / L-ornithine / PHOSPHATE ION / Carbamoyl-phosphate synthase small chain / Carbamoyl phosphate synthase large chain / Carbamoyl phosphate synthase small chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Huang, X. / Raushel, F.M. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Carbamoyl-phosphate synthetase. Creation of an escape route for ammonia
著者: Thoden, J.B. / Huang, X. / Raushel, F.M. / Holden, H.M.
履歴
登録2002年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE THE CLONE USED VARIED FROM THE SWISS-PROT ENTRY AT RESIDUE 46 OF CHAINS ACEG (SWS P00968) ...SEQUENCE THE CLONE USED VARIED FROM THE SWISS-PROT ENTRY AT RESIDUE 46 OF CHAINS ACEG (SWS P00968) AND RESIDUE 183 OF CHAINS BDFH (SWS P00907).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: carbamoyl phosphate synthetase large chain
B: carbamoyl-phosphate synthetase small chain
C: carbamoyl phosphate synthetase large chain
D: carbamoyl-phosphate synthetase small chain
E: carbamoyl phosphate synthetase large chain
F: carbamoyl-phosphate synthetase small chain
G: carbamoyl phosphate synthetase large chain
H: carbamoyl-phosphate synthetase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)645,73094
ポリマ－638,2158
非ポリマー7,51686
水64,1513561
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)151.500, 164.200, 331.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Biological assembly is an (ab)4 hetero-tetramer: Comprised of chains A,B,C,D,E,F,G,H

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
carbamoyl phosphate synthetase large chain / Carbamoyl-phosphate synthetase ammonia chain


分子量: 117982.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CARB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(de3)pLysS
参照: UniProt: P00968, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing)
#2: タンパク質
carbamoyl-phosphate synthetase small chain / Carbamoyl-phosphate synthetase glutamine chain


分子量: 41571.016 Da / 分子数: 4 / Mutation: G359F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CARA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(de3)pLysS
参照: UniProt: P00907, UniProt: P0A6F1*PLUS, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing)

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非ポリマー , 8種, 3647分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物
ChemComp-ORN / L-ornithine / オルニチン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O2
#9: 化合物
ChemComp-NET / TETRAETHYLAMMONIUM ION / テトラエチルアンモニウム


分子量: 130.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H20N
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.4
詳細: PEG-8000, manganese chloride, potassium chloride, ADP, ornithine, tetraethylammonium chloride, HEPPS, pH 7.4, batch, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
18 %PEG800011
20.65 MTEA11
30.5 mM11MnCl2
4100 mM11KCl
51.5 mMADP11
60.5 mML-ormithine11
725 mMHEPPS11pH7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.70004 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.70004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 445772 / Num. obs: 445772 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.0706 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 40543 / Rsym value: 0.244 / % possible all: 84.4
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.4 % / Num. unique obs: 40543 / Rmerge(I) obs: 0.244

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解析

ソフトウェア
名称分類
d*TREKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
TNT精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1JDB

1jdb


解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 44271 -random
Rwork0.174 ---
all0.18 440901 --
obs0.18 440901 92.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44124 0 374 3561 48059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.33
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. reflection obs: 396875 / Num. reflection Rfree: 44026 / Rfactor all: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.012

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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