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- PDB-1m3d: Structure of Type IV Collagen NC1 Domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m3d
タイトルStructure of Type IV Collagen NC1 Domains
要素(Type IV Collagen Noncollagenous Domain- ...) x 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Basement membrane / Type IV collagen / NC1 domain / Network assembly / 3D domain swapping / Br-MAD
機能・相同性
機能・相同性情報


Extracellular matrix organization / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Signaling by PDGF / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Integrin cell surface interactions / Crosslinking of collagen fibrils / Laminin interactions / Non-integrin membrane-ECM interactions / Collagen degradation / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength ...Extracellular matrix organization / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Signaling by PDGF / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Integrin cell surface interactions / Crosslinking of collagen fibrils / Laminin interactions / Non-integrin membrane-ECM interactions / Collagen degradation / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / collagen trimer / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / extracellular matrix organization / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Protein NDNF / Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV / Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous domain superfamily / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagen / Collagen IV carboxyl-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagens / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) ...Protein NDNF / Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV / Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous domain superfamily / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagen / Collagen IV carboxyl-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagens / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin fold / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / : / Collagen alpha-1(IV) chain / Collagen alpha-2(IV) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sundaramoorthy, M. / Meiyappan, M. / Todd, P. / Hudson, B.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of NC1 Domains. Structural Basis for Type IV Collagen Assembly in Basement Membranes
著者: Sundaramoorthy, M. / Meiyappan, M. / Todd, P. / Hudson, B.G.
履歴
登録2002年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
Remark 999SEQUENCE Authors informed that the alpha1 and alpha2 sequences are not available in standard ...SEQUENCE Authors informed that the alpha1 and alpha2 sequences are not available in standard reference sequence databases. However, sequences of overlapping fragments are available in NCBI's Expressed Sequence Tag (EST) databank from which complete sequences can be constructured. The accession numbers are: alpha1 - BE589226, BE846087, BE84675 alpha2 - BF039765, BM956598, AV613094

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1
B: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1
C: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha2
D: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1
E: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1
F: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha2
G: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1
H: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1
I: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha2
J: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1
K: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1
L: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,84660
ポリマ－303,53312
非ポリマー4,31348
水20,5011138
1
A: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1
B: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1
C: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha2
D: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1
E: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1
F: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,92330
ポリマ－151,7676
非ポリマー2,15724
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39450 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area37770 Å2
手法PISA
2
G: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1
H: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1
I: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha2
J: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1
K: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1
L: Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,92330
ポリマ－151,7676
非ポリマー2,15724
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39300 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area37840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.069, 137.963, 127.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Type IV Collagen Noncollagenous Domain- ... , 2種, 12分子 ABDEGHJKCFIL

#1: タンパク質
Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha1


分子量: 25399.893 Da / 分子数: 8 / 断片: NC1 domain (Residues 1-229) / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Bovine Eye Lens Capsule / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q7SIB2
#2: タンパク質
Type IV Collagen Noncollagenous Domain- Alpha2


分子量: 25083.541 Da / 分子数: 4 / 断片: NC1 domain (Residues 1-227) / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Bovine Eye Lens Capsule / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q7SIB3

-
非ポリマー , 4種, 1186分子

#3: 化合物...
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-LU / LUTETIUM (III) ION / LU


分子量: 174.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Lu
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG 20K, bicine buffer, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 %(w/v)PEG200001reservoir
30.1 MBicine1reservoirpH9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.8856, 0.9195, 0.9197, 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月21日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.88561
20.91951
30.91971
40.95371
反射解像度: 2→69.25 Å / Num. all: 184445 / Num. obs: 184445 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.72 % / Biso Wilson estimate: 6.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 30.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Mean I/σ(I) obs: 13.1 / Num. unique all: 16498 / % possible all: 87.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 686286
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 277228.26 / Data cutoff high rms absF: 277228.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 8789 5 %Random
Rwork0.169 ---
all0.174 179164 --
obs0.171 175237 95.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 75.5032 Å2 / ksol: 0.575522 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.09 Å20 Å2-0.21 Å2
2--2.13 Å20 Å2
3----1.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20755 0 88 1138 21981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.293
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.686
LS精密化 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 1380 5 %
Rwork0.159 25959 -
obs--90.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein_rep.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion1.param
X-RAY DIFFRACTION4gol.param
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 166448 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.168
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0051
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.686
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.84
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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