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万見
- PDB-1m16: Human Acidic Fibroblast Growth Factor. 141 Amino Acid Form with A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m16
タイトルHuman Acidic Fibroblast Growth Factor. 141 Amino Acid Form with Amino Terminal His Tag and Leu 44 Replaced with Phe (L44F), Leu 73 Replaced with Val (L73V), Val 109 Replaced with Leu (V109L) and Cys 117 Replaced with Val (C117V).
要素acidic fibroblast growth factor
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / beta-trefoil / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / FGFR2b ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor binding ...mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / FGFR2b ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR1b ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / S100 protein binding / Signaling by FGFR2 IIIa TM / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of sprouting angiogenesis / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of cell division / PI3K Cascade / anatomical structure morphogenesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / activation of protein kinase B activity / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / neurogenesis / Signaling by FGFR2 in disease / Signaling by FGFR1 in disease / extracellular matrix / positive regulation of endothelial cell migration / lung development / Negative regulation of FGFR3 signaling / regulation of cell migration / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / growth factor activity / wound healing / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / integrin binding / positive regulation of angiogenesis / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / cellular response to heat / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cell cortex / angiogenesis / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Fibroblast growth factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Brych, S.R. / Kim, J. / Spielmann, G.L. / Logan, T.M. / Blaber, M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Accommodation of a highly symmetric core within a symmetric protein superfold
著者: Brych, S.R. / Kim, J. / Logan, T.M. / Blaber, M.
履歴
登録2002年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: acidic fibroblast growth factor
B: acidic fibroblast growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7186
ポリマ－33,4342
非ポリマー2844
水3,801211
1
A: acidic fibroblast growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8593
ポリマ－16,7171
非ポリマー1422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: acidic fibroblast growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8593
ポリマ－16,7171
非ポリマー1422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.180, 97.013, 108.871
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 acidic fibroblast growth factor / Heparin-binding growth factor 1 / HBGF-1 / AFGF / Beta-endothelial cell growth factor / ECGF-beta


分子量: 16716.752 Da / 分子数: 2 / 変異: L44F, L73V, V109L, C117V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05230
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium formate, ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
150 mMsodium phosphate1reservoir
2100 mM1reservoirNaCl
310 mMammonium sulfate1reservoir
42 mMdithiothreitol1reservoir
50.5 mMEDTA1reservoirpH7.5
610-12 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 104 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: Canberra 13-element Germanium detector / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月24日
放射モノクロメーター: Double flat crystal monochromator with fixed exit geometry; Bragg angle range is 10 degrees - 37 degrees; or flat Si(111) and Si(220) crystals operated side-by-side, each ...モノクロメーター: Double flat crystal monochromator with fixed exit geometry; Bragg angle range is 10 degrees - 37 degrees; or flat Si(111) and Si(220) crystals operated side-by-side, each 100 mm wide; sagitally focusing Si(111) crystals (magnification 0.23-0.40); high precision rotary energy scale; operates in high vacuum; located 16.5 meters from the source.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 43517 / Num. obs: 41034 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 32.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 90.5
反射
*PLUS
% possible obs: 88.3 % / Num. measured all: 554851
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.5 % / Mean I/σ(I) obs: 20.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
TNT精密化
HKL-2000データ削減
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JQZ

1jqz


解像度: 1.7→20 Å / σ(F): 3 / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: TRONRUD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1236 -RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.221 39798 94.3 %-
all-43517 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2268 0 10 217 2495
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d11.1
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.73 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.36 110
Rwork0.34 -
obs-3531
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg11.1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.36 / Rfactor Rwork: 0.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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