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万見
- PDB-1m0o: Structure of Dialkylglycine Decarboxylase Complexed with 1-Amino-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m0o
タイトルStructure of Dialkylglycine Decarboxylase Complexed with 1-Amino-1-methylpropanephosphonate
要素2,2-Dialkylglycine decarboxylase
キーワードLYASE / Decarboxylase / pyridoxal phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate) / 2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate) activity / L-alanine catabolic process, by transamination / alanine-glyoxylate transaminase activity / glyoxylate catabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-MPM / 2,2-dialkylglycine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cepacia (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Liu, W. / Rogers, C.J. / Fisher, A.J. / Toney, M.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Aminophosphonate Inhibitors of Dialkylglycine Decarboxylase: Structural Basis for Slow Binding Inhibition
著者: Liu, W. / Rogers, C.J. / Fisher, A.J. / Toney, M.D.
履歴
登録2002年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE AUTHORS STATE THAT RESIDUES GLN 15 AND GLY 81 FROM THE SWISSPROT ENTRY ARE INCORRECT. ...SEQUENCE AUTHORS STATE THAT RESIDUES GLN 15 AND GLY 81 FROM THE SWISSPROT ENTRY ARE INCORRECT. THESE RESIDUES SHOULD BE HIS 15 AND GLU 81 AS IN AUTHORS' SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,2-Dialkylglycine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0224
ポリマ－46,5771
非ポリマー4443
水3,027168
1
A: 2,2-Dialkylglycine decarboxylase
ヘテロ分子

A: 2,2-Dialkylglycine decarboxylase
ヘテロ分子

A: 2,2-Dialkylglycine decarboxylase
ヘテロ分子

A: 2,2-Dialkylglycine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,08716
ポリマ－186,3104
非ポリマー1,77712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)152.840, 152.840, 86.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 2,2-Dialkylglycine decarboxylase / DGD


分子量: 46577.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cepacia (バクテリア)
プラスミド: pBTac1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P16932, 2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MPM / (1R)-1-[((1E)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYLENE)AMINO]-1-METHYLPROPYLPHOSPHONIC ACID


分子量: 382.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20N2O8P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化pH: 6.4
詳細: 15% PEG 4000, 0.20 - 0.40 M SODIUM PYRUVATE, 0.015 M MES-KOH (pH 6.4)
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130 mg/mlprotein1drop
25 mMpotassium phosphate1droppH7.5
30.020 mMPLP1drop
40.2 %(w/v)sodium azide1drop
515 %(w/v)PEG40001reservoir
615 mMMES- KOH1reservoirpH6.4
775-200 mMsodium pyruvate1reservoir
80.020 mMPLP1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 23748 / Num. obs: 23748 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.13 % / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.349

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1DKA

1dka


解像度: 2.4→20 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 1187 5 %random
Rwork0.139 ---
obs0.144 23728 99.9 %-
溶媒の処理Bsol: 177 Å2 / ksol: 0.73 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3252 0 26 168 3446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.02433320.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.7844961.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.720100
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0195235
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.16722
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.144 / Rfactor Rfree: 0.201 / Rfactor Rwork: 0.144
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg17.70
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0162
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_restr0.0195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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