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- PDB-1lwr: Solution structure of the NCAM fibronectin type III module 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lwr
タイトルSolution structure of the NCAM fibronectin type III module 2
要素Neural Cell Adhesion Molecule 1, 140 kDa isoform
キーワードCELL ADHESION / All beta / Fibronectin type III module
機能・相同性
機能・相同性情報


NCAM1 interactions / regulation of exocyst assembly / medium-term memory / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to fluoride / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / peripheral nervous system axon regeneration / homotypic cell-cell adhesion / NCAM signaling for neurite out-growth / Signal transduction by L1 ...NCAM1 interactions / regulation of exocyst assembly / medium-term memory / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to fluoride / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / peripheral nervous system axon regeneration / homotypic cell-cell adhesion / NCAM signaling for neurite out-growth / Signal transduction by L1 / cellular response to molecule of bacterial origin / fibroblast growth factor receptor binding / behavioral response to ethanol / commissural neuron axon guidance / thalamus development / axonal fasciculation / RAF/MAP kinase cascade / negative regulation of programmed cell death / response to morphine / LRR domain binding / cellular response to ethanol / epithelial to mesenchymal transition / animal organ regeneration / multicellular organismal response to stress / neuron development / phosphatase binding / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cytoskeletal protein binding / positive regulation of calcium-mediated signaling / response to activity / response to cocaine / calcium-mediated signaling / modulation of chemical synaptic transmission / response to lead ion / Schaffer collateral - CA1 synapse / neuron projection development / cell-cell junction / heparin binding / growth cone / presynaptic membrane / response to oxidative stress / postsynaptic membrane / learning or memory / neuron projection / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / response to xenobiotic stimulus / axon / external side of plasma membrane / neuronal cell body / glutamatergic synapse / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Neural cell adhesion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...Neural cell adhesion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neural cell adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / distance geometry; simulated annealing
データ登録者Kiselyov, V.V. / Skladchikova, G. / Hinsby, A.M. / Jensen, P.H. / Kulahin, N. / Pedersen, N. / Tsetlin, V. / Poulsen, F.M. / Berezin, V. / Bock, E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Structural basis for a direct interaction between FGFR1 and NCAM and evidence for a regulatory role of ATP
著者: Kiselyov, V.V. / Skladchikova, G. / Hinsby, A.M. / Jensen, P.H. / Kulahin, N. / Soroka, V. / Pedersen, N. / Tsetlin, V. / Poulsen, F.M. / Berezin, V. / Bock, E.
履歴
登録2002年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neural Cell Adhesion Molecule 1, 140 kDa isoform


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6581
ポリマ－10,6581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 78Z-scores less than 2.4
代表モデルモデル #4lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Neural Cell Adhesion Molecule 1, 140 kDa isoform / NCAM / NCAM polypeptide / N-CAM 140 / NCAM-140


分子量: 10657.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ncam1 / プラスミド: pPICZa / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71 / 参照: UniProt: P13596

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
142DQF-COSY
1522D NOESY
1622D TOCSY
1733D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques and triple-resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM NCAM FnIII module 2 unlabelled; 30 mM NaCl, 10 mM sodium phosphate, pH 7.2790% H2O/10% D2O
22mM NCAM FnIII module 2 unlabelled; 30 mM NaCl, 10 mM sodium phosphate, pH 7.27100% D2O
31mM NCAM FnIII module 2 U-15N; 30 mM NaCl, 10 mM sodium phosphate, pH 7.2790% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 40 mM / pH: 7.27 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Pronto19981230Kjaer. M.データ解析
MNMRKjaer. M.解析
X-PLOR3.1Brunger, A.精密化
精密化手法: distance geometry; simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Z-scores less than 2.4
計算したコンフォーマーの数: 78 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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