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万見
- PDB-1lvo: Structure of coronavirus main proteinase reveals combination of a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lvo
タイトルStructure of coronavirus main proteinase reveals combination of a chymotrypsin fold with an extra alpha-helical domain
要素Replicase, hydrolase domain
キーワードHYDROLASE / 3C like / corona / proteinase / chymotrypsin / cysteine histidine dyad / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA exonuclease activity / host cell membrane / DNA helicase activity / viral genome replication / methyltransferase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity ...RNA exonuclease activity / host cell membrane / DNA helicase activity / viral genome replication / methyltransferase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / methylation / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / DNA helicase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / membrane => GO:0016020 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphacoronavirus nsp1 / Replicase polyprotein N-term from Coronavirus nsp1 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / : / Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain ...Alphacoronavirus nsp1 / Replicase polyprotein N-term from Coronavirus nsp1 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / : / Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / : / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Trypsin-like serine proteases / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Replicase polyprotein 1ab / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Transmissible gastroenteritis virus (伝染性胃腸炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Anand, K. / Palm, G.J. / Mesters, J.R. / Siddell, S.G. / Ziebuhr, J. / Hilgenfeld, R.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002
タイトル: Structure of coronavirus main proteinase reveals combination of a chymotrypsin fold with an extra alpha-helical domain.
著者: Anand, K. / Palm, G.J. / Mesters, J.R. / Siddell, S.G. / Ziebuhr, J. / Hilgenfeld, R.
#1: ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 2000
タイトル: Virus-encoded proteinases and proteolytic processing in the Nidovirales
著者: Ziebuhr, J. / Snijder, E.J. / Gorbalenya, A.E.
履歴
登録2002年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicase, hydrolase domain
B: Replicase, hydrolase domain
C: Replicase, hydrolase domain
D: Replicase, hydrolase domain
E: Replicase, hydrolase domain
F: Replicase, hydrolase domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,83648
ポリマ－198,7406
非ポリマー4,09642
水18,0691003
1
A: Replicase, hydrolase domain
B: Replicase, hydrolase domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,70017
ポリマ－66,2472
非ポリマー1,45315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
2
C: Replicase, hydrolase domain
D: Replicase, hydrolase domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,62016
ポリマ－66,2472
非ポリマー1,37314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area26150 Å2
手法PISA
3
E: Replicase, hydrolase domain
F: Replicase, hydrolase domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,51615
ポリマ－66,2472
非ポリマー1,26913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area25470 Å2
手法PISA
4
A: Replicase, hydrolase domain
B: Replicase, hydrolase domain
ヘテロ分子

E: Replicase, hydrolase domain
F: Replicase, hydrolase domain
ヘテロ分子

C: Replicase, hydrolase domain
D: Replicase, hydrolase domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,83648
ポリマ－198,7406
非ポリマー4,09642
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area20090 Å2
ΔGint-334 kcal/mol
Surface area73260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.82, 160.13, 88.96
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is unclear (monomer or dimer); observed are three dimers in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Replicase, hydrolase domain


分子量: 33123.398 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 2879-3180 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Transmissible gastroenteritis virus (伝染性胃腸炎ウイルス)
属: Coronavirus / 遺伝子: ORF1a / プラスミド: pMAL-c2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TB1 / 参照: UniProt: Q9IW06, UniProt: P0C6Y5*PLUS
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1003 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: ammonium sulphate, MPD, dioxane, hepes, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112.5 mg/mlprotein1drop
212 mMTris-HCl1droppH7.5
3120 mM1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1drop
50.1 mMEDTA1drop
6100 mMHEPES1reservoirpH8.8
71.8 Mammonium sulfate1reservoir
86 %MPD1reservoir
95 mMdithiothreitol1reservoir
104 %dioxane1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A10.97487, 0.97845, 0.97848, 0.97864, 0.97874, 0.95583, 0.9080, 1.0022
シンクロトロンELETTRA 5.2R20.99983
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2000年9月16日null
MARRESEARCH2CCD2000年12月12日null
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1nullMADMx-ray1
2nullSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.974871
20.978451
30.978481
40.978641
50.978741
60.955831
70.9081
81.00221
90.999831
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. all: 144731 / Num. obs: 134114 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.44 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 13.54
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 2.85 % / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique all: 5367 / % possible all: 73.1
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.4 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SnBv2.0位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.96→27.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 4041 3 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.21 144731 --
obs0.21 134114 92.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.8737 Å2 / ksol: 0.326703 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.65 Å20 Å23.59 Å2
2---1.35 Å20 Å2
3----9.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→27.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13805 0 189 1054 15048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 614 3 %
Rwork0.309 20020 -
obs--85.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noTopol fileParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_CYO.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.16

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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