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- PDB-1ltr: CRYSTAL STRUCTURE OF THE B SUBUNIT OF HUMAN HEAT-LABILE ENTEROTOX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ltr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE B SUBUNIT OF HUMAN HEAT-LABILE ENTEROTOXIN FROM E. COLI CARRYING A PEPTIDE WITH ANTI-HSV ACTIVITY
要素HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
キーワードENTEROTOXIN / B SUBUNIT / HEAT-LABILE ENTEROTOXIN / ANTI-HSV
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat-labile enterotoxin B chain / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Matkovic-Calogovic, D. / Loreggian, A. / Palu, G. / Zanotti, G.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the B subunit of Escherichia coli heat-labile enterotoxin carrying peptides with anti-herpes simplex virus type 1 activity.
著者: Matkovic-Calogovic, D. / Loregian, A. / D'Acunto, M.R. / Battistutta, R. / Tossi, A. / Palu, G. / Zanotti, G.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Specific Inhibition of Herpes Virus Replication by Receptor-Mediated Entry of an Antiviral Peptide Linked to Escherichia Coli Enterotoxin B Subunit
著者: Marcello, A. / Loregian, A. / Cross, A. / Marsden, H. / Hirst, T.R. / Palu, G.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined Structure of Escherichia Coli Heat-Labile Enterotoxin, a Close Relative of Cholera Toxin
著者: Sixma, T.K. / Kalk, K.H. / Van Zanten, B.A. / Dauter, Z. / Kingma, J. / Witholt, B. / Hol, W.G.
履歴
登録1998年7月31日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,31411
ポリマ－63,7385
非ポリマー5766
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15580 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area21140 Å2
手法PISA
2
D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
ヘテロ分子

D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,62922
ポリマ－127,47610
非ポリマー1,15312
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area33130 Å2
ΔGint-322 kcal/mol
Surface area40330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.230, 127.230, 174.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.420218, 0.720394, -0.55177), (-0.311096, 0.685583, 0.658176), (0.852429, -0.104924, 0.512206)15.1894, 48.4932, -77.1178
2given(-0.511333, 0.858746, -0.033083), (0.225737, 0.171358, 0.958999), (0.829205, 0.4829, -0.281472)97.7006, 25.709, -108.4294
3given(-0.507292, 0.222247, 0.832623), (0.860996, 0.171773, 0.478728), (-0.036627, 0.95974, -0.278493)133.8466, -36.0823, -51.6803
4given(0.427293, -0.308821, 0.849736), (0.723093, 0.680917, -0.116143), (-0.542732, 0.664065, 0.514257)73.5813, -51.7674, 14.3755

-
要素

#1: タンパク質
HEAT-LABILE ENTEROTOXIN / ETB-R2


分子量: 12747.591 Da / 分子数: 5 / 断片: SUBUNIT B-R2 / 変異: N103K / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE B SUBUNIT HAS A PEPTIDE WITH ANTI-HSV ACTIVITY AS AN EXTENSION, RESIDUES 104-113
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PAM320 / 発現宿主: Vibrio sp. (バクテリア) / 株 (発現宿主): SP60 / 参照: UniProt: P13811, UniProt: P0CK94*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 77 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17 mg/mlprotein1drop
20.8 Mlithium sulfate1drop
32 %PEG80001drop
40.8 Mlithium sulfate1reservoir
52 %PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.4
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1998年2月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→23.19 Å / Num. obs: 27477 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 3.04→3.39 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Mean I/σ(I) obs: 0.1 / % possible all: 95.6
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 23.2 Å / Num. measured all: 97277

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALEFROM CCP4データ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.84精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LTS, CHAINS D-H

1lts


解像度: 3.04→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1770 7 %RANDOM
Rwork0.1828 ---
obs0.1828 25803 92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.04→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4381 0 30 116 4527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d18
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev Biso : _ / Rms dev position: _ / Weight Biso : _ / Weight position: _

Ens-IDDom-IDNCS model details
11RESTRAINTS
22
33
44
LS精密化 シェル解像度: 3.04→3.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2747 193 10.9 %
Rwork0.2786 2706 -
obs--90 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.84 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg18
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.2786

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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