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万見
- PDB-1ltd: THE 2.6 ANGSTROMS REFINED STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI RECOM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ltd
タイトルTHE 2.6 ANGSTROMS REFINED STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI RECOMBINANT SACCHAROMYCES CEREVISIAE FLAVOCYTOCHROME B2-SULPHITE COMPLEX
要素FLAVOCYTOCHROME B2
キーワードOXIDOREDUCTASE(CH-OH(D)-CYTOCHROME(A))
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase (cytochrome) / L-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / lactate metabolic process / : / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-mandelate/L-lactate dehydrogenase, FMN-binding domain / Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. ...L-mandelate/L-lactate dehydrogenase, FMN-binding domain / Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / SULFITE ION / L-lactate dehydrogenase (cytochrome)
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tegoni, M. / Cambillau, C.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: The 2.6-A refined structure of the Escherichia coli recombinant Saccharomyces cerevisiae flavocytochrome b2-sulfite complex.
著者: Tegoni, M. / Cambillau, C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Molecular Structure of Flavocytochrome B2 at 2.4 Angstroms Resolution
著者: Xia, Z. / Mathews, F.S.
#2: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1989
タイトル: High Level Expression of Fully Active Yeast Flavocytochrome B2 in Escherichia Coli
著者: Black, M. / White, S. / Reid, G. / Chapman, S.
履歴
登録1994年1月14日処理サイト: BNL
改定 1.01994年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAVOCYTOCHROME B2
B: FLAVOCYTOCHROME B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8507
ポリマ－112,1602
非ポリマー1,6895
水3,711206
1
A: FLAVOCYTOCHROME B2
B: FLAVOCYTOCHROME B2
ヘテロ分子

A: FLAVOCYTOCHROME B2
B: FLAVOCYTOCHROME B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,70014
ポリマ－224,3214
非ポリマー3,37910
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area31920 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area58070 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)164.500, 164.500, 114.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.247, 0.4353, -0.8657), (0.4312, 0.7507, 0.5005), (0.8678, -0.4969, -0.0023)
ベクター: -0.0427, -0.0266, -0.3895)
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO SUBUNITS WHICH HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATORS *A* AND *B*. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *A* WHEN APPLIED TO CHAIN *B*.

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要素

#1: タンパク質 FLAVOCYTOCHROME B2


分子量: 56080.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P00175, L-lactate dehydrogenase (cytochrome)
#2: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細EACH SUBUNIT CONTAINS TWO DOMAINS, A CYTOCHROME DOMAIN COMPRISING RESIDUES 5 - 99 AND A FLAVIN- ...EACH SUBUNIT CONTAINS TWO DOMAINS, A CYTOCHROME DOMAIN COMPRISING RESIDUES 5 - 99 AND A FLAVIN-BINDING DOMAIN COMPRISING RESIDUES 100 - 511.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mM1dropNa2SO5
225 mg/mlenzyme1drop
312 %PEG40001reservoir
450 mMMES1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 44282 / % possible obs: 81 % / Num. measured all: 452385 / Rmerge(I) obs: 0.147
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 55 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→6 Å / Rfactor Rwork: 0.173 / Rfactor obs: 0.173 / σ(F): 1
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6756 0 113 206 7075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.37
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.173
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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