ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SCALEPACK | | データスケーリング | CNS | 1.1 | 精密化 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→20.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.228 | 6013 | 10.2 % | RANDOM |
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Rwork | 0.207 | - | - | - |
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all | - | 59056 | - | - |
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obs | - | 59056 | 95 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.8636 Å2 / ksol: 0.403673 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.5 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 3.53 Å2 | 2.29 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 3.53 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -7.06 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.25 Å | 0.22 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.21 Å | 0.19 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20.29 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4066 | 0 | 36 | 250 | 4352 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.78 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.22 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.83 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.94 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.9 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.388 | 880 | 9.8 % |
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Rwork | 0.347 | 8089 | - |
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obs | - | - | 87.9 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | PEP_A5P_MOD4PEP_A5P.TOPH | | | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 22 Å / % reflection Rfree: 10 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.7 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.78 | | | | | |
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