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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lrq | ||||||
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タイトル | Aquifex aeolicus KDO8P synthase H185G mutant in complex with PEP, A5P and Cadmium | ||||||
要素 | KDO-8-phosphate synthetase | ||||||
キーワード | LYASE / Kdo8ps / kdo8p / kdo | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 monosaccharide biosynthetic process / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, J. / Duewel, H.S. / Stuckey, J.A. / Woodard, R.W. / Gatti, D.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Function of His185 in Aquifex aeolicus 3-Deoxy-D-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase 著者: Wang, J. / Duewel, H.S. / Stuckey, J.A. / Woodard, R.W. / Gatti, D.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lrq.cif.gz | 119.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lrq.ent.gz | 91.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lrq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lrq_validation.pdf.gz | 482.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lrq_full_validation.pdf.gz | 491.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lrq_validation.xml.gz | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lrq_validation.cif.gz | 33.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/1lrq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/1lrq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer constructed from chain A and chain B and their symmetry partners generated b application of the symmetry operation (x=y, y=x, z=-z) |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29693.312 Da / 分子数: 2 / 変異: H185G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / プラスミド: pAakdsA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66496, EC: 4.1.2.16 |
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-非ポリマー , 5種, 256分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PEP / | #4: 化合物 | ChemComp-A5P / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 100 mM Na-acetate 6% PEG 4000, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4. ℃ / 詳細: Duewel, H.S., (2001) J.Biol.Chem., 276, 8393. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年1月23日 / 詳細: mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 59056 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / % possible all: 87.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 95 % / Num. measured all: 343217 / Rmerge(I) obs: 0.121 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→20.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.8636 Å2 / ksol: 0.403673 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 22 Å / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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