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- PDB-1lrp: COMPARISON OF THE STRUCTURES OF CRO AND LAMBDA REPRESSOR PROTEINS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lrp
タイトルCOMPARISON OF THE STRUCTURES OF CRO AND LAMBDA REPRESSOR PROTEINS FROM BACTERIOPHAGE LAMBDA
要素LAMBDA REPRESSOR
キーワードDNA BINDING REGULATORY PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of viral latency / latency-replication decision / positive regulation of viral transcription / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / core promoter sequence-specific DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Repressor protein cI
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Pabo, C. / Lewis, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Comparison of the structures of cro and lambda repressor proteins from bacteriophage lambda.
著者: Ohlendorf, D.H. / Anderson, W.F. / Lewis, M. / Pabo, C.O. / Matthews, B.W.
#1: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1983
タイトル: Structure of the Operator-Binding Domain of Bacteriophage Lambda Repressor. Implications for DNA Recognition and Gene Regulation
著者: Lewis, M. / Jeffrey, A. / Wang, J. / Ladner, R. / Ptashne, M. / Pabo, C.O.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: Homology Among DNA-Binding Proteins Suggests Use of a Conserved Super-Secondary Structure
著者: Sauer, R.T. / Yocum, R.R. / Doolittle, R.F. / Lewis, M. / Pabo, C.O.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: The Operator-Binding Domain of Lambda Repressor. Structure and DNA Recognition
著者: Pabo, C.O. / Lewis, M.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: The N-Terminal Arms of Lambda Repressor Wrap Around the Operator DNA
著者: Pabo, C.O. / Krovatin, W. / Jeffrey, A. / Sauer, R.T.
履歴
登録1987年12月4日処理サイト: BNL
改定 1.01989年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02023年9月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _atom_sites.fract_transf_vector[1] / _atom_sites.fract_transf_vector[2] / _atom_sites.fract_transf_vector[3] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ncs_oper.matrix[1][1] / _struct_ncs_oper.matrix[1][2] / _struct_ncs_oper.matrix[1][3] / _struct_ncs_oper.matrix[2][1] / _struct_ncs_oper.matrix[2][2] / _struct_ncs_oper.matrix[2][3] / _struct_ncs_oper.matrix[3][1] / _struct_ncs_oper.matrix[3][2] / _struct_ncs_oper.matrix[3][3] / _struct_ncs_oper.vector[1] / _struct_ncs_oper.vector[2] / _struct_ncs_oper.vector[3]
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LAMBDA REPRESSOR
B: LAMBDA REPRESSOR
C: LAMBDA REPRESSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4103
ポリマ－30,4103
非ポリマー00
水00
1
A: LAMBDA REPRESSOR

A: LAMBDA REPRESSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2732
ポリマ－20,2732
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
2
B: LAMBDA REPRESSOR
C: LAMBDA REPRESSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2732
ポリマ－20,2732
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.000, 65.000, 149.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.4992519, 0.8668697, -0.00152157), (-0.86305728, -0.4970783, -0.08607109), (-0.07563217, -0.04175575, 0.99635719)-32.72378, -76.04117, -4.09961
2given(-0.49886057, -0.86360024, -0.07534558), (0.86632184, -0.49751575, -0.04164961), (-0.0016472, -0.08620035, 0.99630031)-82.29823, -9.65392, -2.53322
詳細THE REPRESSOR MOLECULE CONSISTS OF A DIMER, AND COORDINATES FOR THE SYMMETRY RELATED CHAIN CAN BE GENERATED FROM THE CHAIN PRESENTED IN THIS ENTRY BY 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 0.0

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要素

#1: タンパク質 LAMBDA REPRESSOR / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10136.613 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 参照: UniProt: P03034

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.99 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化最高解像度: 3.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数267 0 0 0 267
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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