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- PDB-1lnw: CRYSTAL STRUCTURE OF THE MEXR REPRESSOR OF THE MEXAB-OPRM MULTIDR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lnw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE MEXR REPRESSOR OF THE MEXAB-OPRM MULTIDRUG EFFLUX OPERON OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA
要素Multidrug resistance operon repressor
キーワードTRANSCRIPTION REPRESSOR / MexR / repressor / DNA binding protein / regulator of mexRAB-oprM operon
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of transmembrane transport / DNA-binding transcription repressor activity / negative regulation of protein secretion / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug resistance operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lim, D.C. / Poole, K. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the MexR repressor of the mexRAB-oprM multidrug efflux operon of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Lim, D. / Poole, K. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2002年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance operon repressor
B: Multidrug resistance operon repressor
C: Multidrug resistance operon repressor
D: Multidrug resistance operon repressor
E: Multidrug resistance operon repressor
F: Multidrug resistance operon repressor
G: Multidrug resistance operon repressor
H: Multidrug resistance operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,7768
ポリマ－137,7768
非ポリマー00
水3,855214
1
A: Multidrug resistance operon repressor
B: Multidrug resistance operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4442
ポリマ－34,4442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA
2
C: Multidrug resistance operon repressor
D: Multidrug resistance operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4442
ポリマ－34,4442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area15560 Å2
手法PISA
3
E: Multidrug resistance operon repressor
F: Multidrug resistance operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4442
ポリマ－34,4442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area14470 Å2
手法PISA
4
G: Multidrug resistance operon repressor
H: Multidrug resistance operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4442
ポリマ－34,4442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area14890 Å2
手法PISA
5
G: Multidrug resistance operon repressor
H: Multidrug resistance operon repressor

A: Multidrug resistance operon repressor
B: Multidrug resistance operon repressor
C: Multidrug resistance operon repressor
D: Multidrug resistance operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3326
ポリマ－103,3326
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20620 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area39020 Å2
手法PISA
6
A: Multidrug resistance operon repressor
B: Multidrug resistance operon repressor

G: Multidrug resistance operon repressor
H: Multidrug resistance operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8884
ポリマ－68,8884
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area12230 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area27440 Å2
手法PISA
7
A: Multidrug resistance operon repressor
B: Multidrug resistance operon repressor
C: Multidrug resistance operon repressor
D: Multidrug resistance operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8884
ポリマ－68,8884
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13260 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area27060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.910, 72.654, 240.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer. There are four dimers in the asymmetric units, consisting of chain A with B, chain C with D, chain E with F and chain G with H.

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要素

#1: タンパク質
Multidrug resistance operon repressor / MexR


分子量: 17222.027 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: pET41a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 lamdaDE3 / 参照: UniProt: P52003
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: CaCl2, NaCl, NaAcetate, MES, DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
18.8 mg/mlprotein1drop
210 mMTCEP1drop
320 mM1reservoirCaCl2
465 mM1reservoirNaCl
56 mMMES1reservoirpH6.
64 mMsodium acetate1reservoirpH5.
710 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月25日
放射モノクロメーター: silica / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 63205 / Num. obs: 63175 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 4154 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 60.5
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. obs: 63205 / Num. measured all: 352292 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 60.5 % / Rmerge(I) obs: 0.34

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→25.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 3190 5 %RANDOM
Rwork0.242 ---
all0.2446 63205 --
obs0.242 63175 89.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.9569 Å2 / ksol: 0.337589 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.37 Å20 Å20 Å2
2--2.89 Å20 Å2
3----5.26 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.38 Å / Luzzati sigma a free: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→25.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8916 0 0 214 9130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 386 5.5 %
Rwork0.27 6677 -
obs--61 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.2446 / Rfactor obs: 0.242 / Rfactor Rfree: 0.294 / Rfactor Rwork: 0.242
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.14
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.347 / Rfactor Rwork: 0.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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