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- PDB-1lmi: 1.5 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF A SECRETED PROTEIN F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lmi
タイトル1.5 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF A SECRETED PROTEIN FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS-MPT63
要素Immunogenic protein MPT63/MPB63
キーワードIMMUNE SYSTEM / beta-sandwich / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
MPT63-like / Domain of unknown function (DUF1942) / Immunoglobulin-like - #1240 / Immunoprotective extracellular, immunoglobulin-like domain superfamily / Polymerase beta, nucleotidyltransferase / Polymerase beta, Nucleotidyltransferase / Nucleotidyltransferase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenylyltransferase / Immunogenic protein MPT63
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Goulding, C.W. / Parseghian, A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Apostol, M. / Gennaro, M.L. / Eisenberg, D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of a major secreted protein of Mycobacterium tuberculosis-MPT63 at 1.5-A resolution
著者: Goulding, C.W. / Parseghian, A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Apostol, M. / Gennaro, M.L. / Eisenberg, D.
履歴
登録2002年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunogenic protein MPT63/MPB63


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7491
ポリマ－13,7491
非ポリマー00
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.129, 43.129, 228.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

HOH

21A-213-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Immunogenic protein MPT63/MPB63 / Antigen MPT63/MPB63 / 16kDa immunoprotective extracellular protein


分子量: 13749.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
組織: H37Rv / 遺伝子: Rv1926c, MPT63 / プラスミド: pQE30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P97155, UniProt: P9WIP1*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 26.5% PEG4000, 0.1M Tris/HCl, 15% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
160 mg/mlprotein1drop
226.5 %PEG40001reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoirpH7.0
415 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 190 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月10日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→37.35 Å / Num. all: 20397 / Num. obs: 20397 / % possible obs: 82.4 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェル解像度: 1.49→1.58 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 6.18 / Num. unique all: 3282 / % possible all: 92.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 2537 / % possible obs: 97.3 % / Num. measured all: 20972
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.7 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 14.28

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.5→10 Å / Num. parameters: 4555 / Num. restraintsaints: 4024 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2524 1034 -RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.1981 20397 --
obs0.1981 19363 90.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1141
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数967 0 0 172 1139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.043
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0414
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.058
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.159
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.062
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection Rfree: 986 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.246 / Rfactor Rwork: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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