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- PDB-1llc: STRUCTURE DETERMINATION OF THE ALLOSTERIC L-LACTATE DEHYDROGENASE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1llc
タイトルSTRUCTURE DETERMINATION OF THE ALLOSTERIC L-LACTATE DEHYDROGENASE FROM LACTOBACILLUS CASEI AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION
要素L-LACTATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE(CHOH(D)-NAD(A))
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,6-di-O-phosphono-alpha-D-fructofuranose / L-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus casei (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Buehner, M. / Hecht, H.J. / Hensel, R.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1984
タイトル: STRUCTURE DETERMINATION OF THE ALLOSTERIC L-LACTATE DEHYDROGENASE FROM LACTOBACILLUS-CASEI AT 3A RESOLUTION.
著者: Buehner, M. / Hecht, H.J.
#1: ジャーナル: Z.Kristallogr. / 年: 1987
タイトル: Die Strukturbestimmung Der Allosterischen L-Laktat-Dehydrogenase Aus Lactobacillus Casei Mittels Molekularem Ersatz. Phasenexpansion Und Phasenverfeinerung Mittels ...タイトル: Die Strukturbestimmung Der Allosterischen L-Laktat-Dehydrogenase Aus Lactobacillus Casei Mittels Molekularem Ersatz. Phasenexpansion Und Phasenverfeinerung Mittels Nichtkristallographischer Symmetrie (German)
著者: Buehner, M. / Hecht, H.J.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1983
タイトル: The Complete Primary Structure of the Allosteric L-Lactate Dehydrogenase from Lactobacillus Casei
著者: Hensel, R. / Mayr, U. / Yang, C.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis at Low Resolution of the Allosteric L-Lactate Dehydrogenase from Lactobacillus Casei
著者: Buehner, M. / Hecht, H.-J. / Hensel, R. / Mayr, U.
履歴
登録1988年11月21日処理サイト: BNL
改定 1.01989年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.02023年7月26日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / cell / chem_comp / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle / _pdbx_validate_planes.rmsd / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月2日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / Item: _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
改定 2.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 700SHEET SHEET S2 CONTAINS A BIFURCATED STRAND. THIS IS REPRESENTED ON THE *SHEET* RECORDS BELOW BY ...SHEET SHEET S2 CONTAINS A BIFURCATED STRAND. THIS IS REPRESENTED ON THE *SHEET* RECORDS BELOW BY PRESENTING TWO SHEETS (S2A AND S2B) THAT DIFFER ONLY IN ONE STRAND.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9163
ポリマ－35,4791
非ポリマー4362
水00
1
A: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,66212
ポリマ－141,9174
非ポリマー1,7458
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
point symmetry operation2
2
A: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,66212
ポリマ－141,9174
非ポリマー1,7458
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)169.200, 85.380, 180.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: RESIDUE 141 IS A CIS PROLINE. / 2: SEE REMARK 8.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.39602671, -0.91816381), (-1), (-0.91831418, -0.39602671)
3generate(-0.59264499, 0.80488991, -0.03115019), (-0.8054149, -0.59176878, 0.03255789), (0.00773546, 0.044493, 0.99897263)43.18003, 12.07871, 121.07681
4generate(0.59264499, 0.80488991, 0.03115019), (0.8054149, -0.59176878, -0.03255789), (-0.00773546, 0.044493, -0.99897263)43.18003, 12.07871, 121.07681
5generate(-0.20609758, -0.80488991, 0.55648149), (-0.34886418, 0.59176878, 0.72660902), (-0.91430729, -0.044493, -0.40272226)43.18003, 12.07871, 121.07681
6generate(0.20609758, -0.80488991, -0.55648149), (0.34886418, 0.59176878, -0.72660902), (0.91430729, -0.044493, 0.40272226)43.18003, 12.07871, 121.07681
詳細IN SOLUTION AS WELL AS IN THE CRYSTAL, THE MOLECULE CONSISTS OF A TETRAMER (FOUR SUBUNITS OF IDENTICAL SEQUENCE). THERE ARE TWO CRYSTALLOGRAPHICALLY INDEPENDENT MOLECULES IN THE CRYSTAL. ONE TETRAMER (CALLED *CENTRAL*) SITS ON A CRYSTALLOGRAPHIC TW0-FOLD AXIS AND A SECOND TETRAMER (CALLED *PERIPHERAL*) SITS IN A GENERAL POSITION. THE ASYMMETRIC UNIT, THEREFORE, CONSISTS OF TWO SUBUNITS FROM THE *CENTRAL* MOLECULE AND ALL FOUR SUBUNITS FROM THE *PERIPHERAL* MOLECULE. THE THREE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL GENERATE A FULL TETRAMERIC MOLECULE WHEN APPLIED TO THE MONOMER PRESENTED IN THIS ENTRY. THE MONOMER PRESENTED IN THIS ENTRY IS THE *RED* SUBUNIT. *MTRIX 1* ROTATES THE *RED* SUBUNIT ABOUT THE P AXIS TO GENERATE THE *BLUE* SUBUNIT. *MTRIX 2* ROTATES THE *RED* SUBUNIT ABOUT THE Q AXIS TO GENERATE THE *YELLOW* SUBUNIT. *MTRIX 3* ROTATES THE *RED* SUBUNIT ABOUT THE *R* AXIS TO GENERATES THE *GREEN* SUBUNIT. THE TETRAMERIC ENZYME CRYSTALLIZES IN SPACE GROUP C 2 WITH SIX TETRAMERS IN THE UNIT CELL. THE OVERALL ARRANGEMENT IS CLOSE TO SPACE GROUP P 31 2 1 (WHICH IS A SUPERGROUP OF C 2), AND ALL TETRAMERS HAVE GOOD LOCAL 222 SYMMETRY. THE *CENTRAL* AND *PERIPHERAL* TETRAMERS ARE RELATED BY AN APPROXIMATE NONCRYSTALLOGRAPHIC 3(1) SCREW AXIS. FRACTIONAL COORDINATES FOR THE ASYMMETRIC UNIT OF THE CRYSTAL CAN BE GENERATED BY APPLYING THE FOLLOWING SIX TRANSFORMATIONS TO THE MONOMER PRESENTED IN THIS ENTRY .003360 .004864 0.000000 0.00000 0.000000 0.000000 .011712 0.00000 .004638 -.003051 0.000000 0.00000 -.003360 .004864 0.000000 0.00000 0.000000 0.000000 -.011712 0.00000 -.004638 -.003051 0.000000 0.00000 -.001966 -.002898 .004763 .27144 -.004865 -.008091 -.006931 .14147 .004657 -.003012 .000247 .67215 .001966 .002898 .004763 .27144 .004865 .008091 -.006931 .14147 -.004657 .003012 .000247 .67215 .001966 -.002898 -.004763 .27144 .004865 -.008091 .006931 .14147 -.004657 -.003012 -.000247 .67215 -.001966 .002898 -.004763 .27144 -.004865 .008091 .006931 .14147 .004657 .003012 -.000247 .67215

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要素

#1: タンパク質 L-LACTATE DEHYDROGENASE


分子量: 35479.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア)
参照: UniProt: P00343, L-lactate dehydrogenase
#2: 糖 ChemComp-AFP / 1,6-di-O-phosphono-alpha-D-fructofuranose / ALPHA FRUCTOSE 1,6-DIPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-alpha-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / フルクト-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
a-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
非ポリマーの詳細THE METAL ION BINDING SITE HAS NOT YET BEEN IDENTIFIED AND, THEREFORE, NO COORDINATES FOR CO2+ ARE ...THE METAL ION BINDING SITE HAS NOT YET BEEN IDENTIFIED AND, THEREFORE, NO COORDINATES FOR CO2+ ARE INCLUDED IN THIS ENTRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化解像度: 3→10 Å / Rfactor Rwork: 0.374
詳細: THERE ARE THREE ZONES OF LOW (OR NO) DENSITY CONSISTING OF LYS 102 - LEU 110 (ACTIVE SITE LOOP), GLU 211 - VAL 226 (CRYSTAL CONTACTS), AND ILE 334 - GLN 338 (C-TERMINUS). NO COORDINATES ARE ...詳細: THERE ARE THREE ZONES OF LOW (OR NO) DENSITY CONSISTING OF LYS 102 - LEU 110 (ACTIVE SITE LOOP), GLU 211 - VAL 226 (CRYSTAL CONTACTS), AND ILE 334 - GLN 338 (C-TERMINUS). NO COORDINATES ARE PRESENT IN THIS ENTRY FOR THE C-TERMINUS.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2454 0 25 0 2479

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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