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万見
- PDB-1li1: The 1.9-A crystal structure of the noncollagenous (NC1) domain of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1li1
タイトルThe 1.9-A crystal structure of the noncollagenous (NC1) domain of human placenta collagen IV shows stabilization via a novel type of covalent Met-Lys cross-link
要素
  • Collagen alpha 1(IV)
  • Collagen alpha 2(IV)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / basement membrane (基底膜) / collagen IV / NC1 domain / covalent cross-link / protein-protein interaction (タンパク質間相互作用)
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal blood vessel morphogenesis / collagen type IV trimer / Anchoring fibril formation / renal tubule morphogenesis / Crosslinking of collagen fibrils / Collagen chain trimerization / platelet-derived growth factor binding / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / basement membrane organization / Extracellular matrix organization ...retinal blood vessel morphogenesis / collagen type IV trimer / Anchoring fibril formation / renal tubule morphogenesis / Crosslinking of collagen fibrils / Collagen chain trimerization / platelet-derived growth factor binding / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / basement membrane organization / Extracellular matrix organization / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Laminin interactions / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / Signaling by PDGF / NCAM1 interactions / blood vessel morphogenesis / Scavenging by Class A Receptors / extracellular matrix structural constituent / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / branching involved in blood vessel morphogenesis / neuromuscular junction development / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / Non-integrin membrane-ECM interactions / 基底膜 / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / epithelial cell differentiation / extracellular matrix organization / negative regulation of angiogenesis / response to activity / cellular response to amino acid stimulus / brain development / 血管新生 / collagen-containing extracellular matrix / molecular adaptor activity / 小胞体 / DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV / Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous domain superfamily / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagen / Collagen IV carboxyl-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagens / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin fold ...Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV / Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous domain superfamily / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagen / Collagen IV carboxyl-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagens / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin fold / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Collagen alpha-1(IV) chain / Collagen alpha-2(IV) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Than, M.E. / Henrich, S. / Huber, R. / Ries, A. / Mann, K. / Kuhn, K. / Timpl, R. / Bourenkov, G.P. / Bartunik, H.D. / Bode, W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: The 1.9-A crystal structure of the noncollagenous (NC1) domain of human placenta collagen IV shows stabilization via a novel type of covalent Met-Lys cross-link.
著者: Than, M.E. / Henrich, S. / Huber, R. / Ries, A. / Mann, K. / Kuhn, K. / Timpl, R. / Bourenkov, G.P. / Bartunik, H.D. / Bode, W.
履歴
登録2002年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen alpha 1(IV)
B: Collagen alpha 1(IV)
C: Collagen alpha 2(IV)
D: Collagen alpha 1(IV)
E: Collagen alpha 1(IV)
F: Collagen alpha 2(IV)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,18815
ポリマ－151,6576
非ポリマー5319
水20,0691114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38270 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area37970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)234.589, 234.589, 99.492
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細The biological relevant hexamer [alpha 1(IV)]4, [alpha 2(IV)]2 corresponds to the asymmetric unit of this pdb entry.

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要素

#1: タンパク質
Collagen alpha 1(IV)


分子量: 25356.871 Da / 分子数: 4 / 断片: noncollagenous domain 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: placenta / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02462
#2: タンパク質 Collagen alpha 2(IV)


分子量: 25114.551 Da / 分子数: 2 / 断片: noncollagenous domain 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: placenta / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08572
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: MES, sodium acetate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 7.5 / PH range high: 7.1
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlprotein1drop
220 mM1dropNH4HCO3
30.1 MMES-NaOH1reservoir
43.2-3.6 Msodium acetate1reservoirpH7.1-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月27日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.95 Å / Num. obs: 155867 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 441349 / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.6 % / Rmerge(I) obs: 0.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 7569 5.1 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 148362 92.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.4937 Å2 / ksol: 0.351246 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.1 Å2-2.88 Å2-
2---7.1 Å2-
3---14.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10514 0 36 1114 11664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.791.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.852.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 1340 5.2 %
Rwork0.277 24252 -
obs--95.3 %
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.98
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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