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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lhs | ||||||
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タイトル | LOGGERHEAD SEA TURTLE MYOGLOBIN (AQUO-MET) | ||||||
要素 | MYOGLOBIN | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caretta caretta (アカウミガメ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Nardini, M. / Tarricone, C. / Lania, A. / Desideri, A. / De Sanctis, G. / Coletta, M. / Petruzzelli, R. / Ascenzi, P. / Coda, A. / Bolognesi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Reptile heme protein structure: X-ray crystallographic study of the aquo-met and cyano-met derivatives of the loggerhead sea turtle (Caretta caretta) myoglobin at 2.0 A resolution. 著者: Nardini, M. / Tarricone, C. / Rizzi, M. / Lania, A. / Desideri, A. / De Sanctis, G. / Coletta, M. / Petruzzelli, R. / Ascenzi, P. / Coda, A. / Bolognesi, M. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: X-Ray Crystal Structure of Aplysia Limacina Myoglobin in Different Liganded States 著者: Conti, E. / Moser, C. / Rizzi, M. / Mattevi, A. / Lionetti, C. / Coda, A. / Ascenzi, P. / Brunori, M. / Bolognesi, M. #2: ジャーナル: Biochem.Mol.Biol.Int. / 年: 1993 タイトル: Structural Studies on the Loggerhead Sea Turtle (Caretta Caretta) Myoglobin 著者: Petruzzelli, R. / Aureli, G. / Casale, E. / Nardini, M. / Rizzi, M. / Ascenzi, P. / Coletta, M. / De Sanctis, G. / Desideri, A. / Galtieri, A. / Bolognesi, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lhs.cif.gz | 44.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lhs.ent.gz | 30.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lhs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lhs_validation.pdf.gz | 477.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lhs_full_validation.pdf.gz | 484.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lhs_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lhs_validation.cif.gz | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/1lhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/1lhs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17420.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Caretta caretta (アカウミガメ) / 参照: UniProt: P56208 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 Å |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月2日 |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 13820 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. measured all: 58570 / Rmerge(I) obs: 0.0365 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→15 Å / σ(F): 3 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
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拘束条件 | *PLUS
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