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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lgy | ||||||
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タイトル | LIPASE II FROM RHIZOPUS NIVEUS | ||||||
![]() | TRIACYLGLYCEROL LIPASE | ||||||
![]() | HYDROLASE (CARBOXYLIC ESTER) / LIPASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Kohno, M. / Funatsu, J. / Mikami, B. / Kugimiya, W. / Matsuo, T. / Morita, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of lipase II from Rhizopus niveus at 2.2 A resolution. 著者: Kohno, M. / Funatsu, J. / Mikami, B. / Kugimiya, W. / Matsuo, T. / Morita, Y. #1: ![]() タイトル: Purification, Characterization and Crystallization of Two Types of Lipase from Rhizopus Niveus 著者: Kohno, M. / Kugimiya, W. / Hashimoto, Y. / Morita, Y. #2: ![]() タイトル: Preliminary Investigation of Crystals of Lipase I from Rhizopus Niveus 著者: Kohno, M. / Kugimiya, W. / Hashimoto, Y. / Morita, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 171.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 136.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 380.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 403.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29623.504 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | ||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年1月16日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 53656 / % possible obs: 86.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % possible obs: 78 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 2 詳細: CHARMM MEAN B VALUE 22.6 ANGSTROMS**2 ESD FROM LUZZATI PLOT 0.30 ANGSTROMS X-PLOR ALSO WAS USED.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.186 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |