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万見
- PDB-1lg7: Crystal structure of Vesicular Stomatitis Virus Matrix Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lg7
タイトルCrystal structure of Vesicular Stomatitis Virus Matrix Protein
要素VSV matrix protein
キーワードVIRAL PROTEIN / VIRUS MATRIX
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nuclear membrane / viral budding via host ESCRT complex / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont-mediated suppression of host gene expression / structural constituent of virion / viral envelope / virion membrane
類似検索 - 分子機能
VSV matrix protein / VSV matrix protein / Vesiculovirus matrix / VSV matrix superfamily / Vesiculovirus matrix protein / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vesicular stomatitis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Gaudier, M. / Gaudin, Y. / Knossow, M.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of vesicular stomatitis virus matrix protein.
著者: Gaudier, M. / Gaudin, Y. / Knossow, M.
#1: ジャーナル: Virology / 年: 2001
タイトル: Cleavage of Vesicular Stomatitis Virus Matrix Protein Prevents Self-association and Leads to Crystallization
著者: Gaudier, M. / Gaudin, Y. / Knossow, M.
履歴
登録2002年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
Remark 999 SEQUENCE Author informed that protein sequence under study has not yet been deposited in any ... SEQUENCE Author informed that protein sequence under study has not yet been deposited in any sequence database

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VSV matrix protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0111
ポリマ－21,0111
非ポリマー00
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: VSV matrix protein

A: VSV matrix protein

A: VSV matrix protein

A: VSV matrix protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,0444
ポリマ－84,0444
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_645-y+3/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_565y+1/2,-x+3/2,z1
Buried area6440 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area28590 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.690, 80.690, 51.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 VSV matrix protein


分子量: 21011.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vesicular stomatitis virus (ウイルス) / 属: Vesiculovirus / 株: Indiana - Orsay / 参照: UniProt: Q8B0H2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 2000 monometylether, sodium chloride, sodium acetate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
詳細: Gaudier, M., (2001) Virology, 288, 308.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris-HCl1droppH8.5
2100 mM1dropNaCl
35 mg/mlprotein1drop
424 %PEG2000 MME1reservoir
50.2 Msodium acetate1reservoir
60.1 M1reservoirNaCl
70.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月17日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→25 Å / Num. all: 210584 / Num. obs: 209741 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 1.96→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 95.3
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. obs: 12771 / Num. measured all: 209741 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.3 % / Rmerge(I) obs: 0.41

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.96→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 620 -Random
Rwork0.208 ---
all0.218 12771 --
obs0.218 12680 99.3 %-
溶媒の処理Bsol: 44.7872 Å2 / ksol: 0.335821 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.7033 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1336 0 0 115 1451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d1.516
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.028
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d2.455
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d3.055
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.03 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 --
Rwork0.2375 1107 -
obs--93.8 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. reflection obs: 12032 / Rfactor all: 0.218 / Rfactor obs: 0.206 / Rfactor Rfree: 0.241 / Rfactor Rwork: 0.206
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.47
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg2.455
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_deg3.055
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.327 / Rfactor Rwork: 0.239 / Rfactor obs: 0.239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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