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- PDB-1lfb: THE X-RAY STRUCTURE OF AN ATYPICAL HOMEODOMAIN PRESENT IN THE RAT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lfb
タイトルTHE X-RAY STRUCTURE OF AN ATYPICAL HOMEODOMAIN PRESENT IN THE RAT LIVER TRANSCRIPTION FACTOR LFB1(SLASH)HNF1 AND IMPLICATIONS FOR DNA BINDING
要素LIVER TRANSCRIPTION FACTOR (LFB1)
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


paraxial mesoderm formation / apoptotic nuclear changes / regulation of NADP metabolic process / renal D-glucose absorption / cellular response to rapamycin / regulation of hormone secretion / reproductive structure development / bile acid biosynthetic process / cellular response to L-leucine / reverse cholesterol transport ...paraxial mesoderm formation / apoptotic nuclear changes / regulation of NADP metabolic process / renal D-glucose absorption / cellular response to rapamycin / regulation of hormone secretion / reproductive structure development / bile acid biosynthetic process / cellular response to L-leucine / reverse cholesterol transport / pancreas development / pronucleus / negative regulation of miRNA processing / regulation of Wnt signaling pathway / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of mitochondrial membrane potential / heme biosynthetic process / insulin secretion / bile acid and bile salt transport / D-glucose import / positive regulation of ATP biosynthetic process / blastocyst development / photoreceptor outer segment / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / bone resorption / response to glucose / fatty acid transport / cholesterol metabolic process / placenta development / transcription coregulator binding / cellular response to glucose stimulus / liver development / positive regulation of insulin secretion / transcription coactivator binding / fatty acid biosynthetic process / intracellular protein localization / glucose homeostasis / response to oxidative stress / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hepatocyte nuclear factor 1, alpha isoform C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), alpha isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, beta isoform, C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal domain superfamily / Hepatocyte nuclear factor 1 / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), beta isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal / HNF-1, dimerization domain / HNF-1, POU-specific (POUs) atypical domain / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), N terminus ...Hepatocyte nuclear factor 1, alpha isoform C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), alpha isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, beta isoform, C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal domain superfamily / Hepatocyte nuclear factor 1 / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), beta isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal / HNF-1, dimerization domain / HNF-1, POU-specific (POUs) atypical domain / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), N terminus / POU-specific (POUs) atypical domain profile. / HNF-1 dimerization (HNF-p1) domain profile. / 'Homeobox' domain signature. / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatocyte nuclear factor 1-alpha / Hepatocyte nuclear factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ceska, T.A. / Lamers, M. / Monaci, P. / Nicosia, A. / Cortese, R. / Suck, D.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1993
タイトル: The X-ray structure of an atypical homeodomain present in the rat liver transcription factor LFB1/HNF1 and implications for DNA binding.
著者: Ceska, T.A. / Lamers, M. / Monaci, P. / Nicosia, A. / Cortese, R. / Suck, D.
履歴
登録1993年6月28日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIVER TRANSCRIPTION FACTOR (LFB1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6771
ポリマ－11,6771
非ポリマー00
水00
1
A: LIVER TRANSCRIPTION FACTOR (LFB1)

A: LIVER TRANSCRIPTION FACTOR (LFB1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3542
ポリマ－23,3542
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)81.030, 81.030, 85.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 LIVER TRANSCRIPTION FACTOR (LFB1)


分子量: 11677.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: P22361, UniProt: P15257*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 65 %
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMacetate1reservoir
242 %ammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. all: 43872 / Num. obs: 4344

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.8→6 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.364 -
Rwork0.212 -
obs0.212 2487
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数641 0 0 0 641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.36
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 2487 / Rfactor obs: 0.212 / Rfactor Rfree: 0.364
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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