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- PDB-1lez: CRYSTAL STRUCTURE OF MAP KINASE P38 COMPLEXED TO THE DOCKING SITE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lez
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MAP KINASE P38 COMPLEXED TO THE DOCKING SITE ON ITS ACTIVATOR MKK3B
要素
  • MAP kinase kinase 3b
  • MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 14
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX / MAP KINASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / P38 / MKK3b
機能・相同性
機能・相同性情報


p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / mitogen-activated protein kinase kinase ...p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / mitogen-activated protein kinase kinase / Oxidative Stress Induced Senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / stress-activated protein kinase signaling cascade / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / D-glucose import / p38MAPK cascade / response to dietary excess / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / MAP kinase kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / MAP kinase activity / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cardiac muscle contraction / striated muscle cell differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / Neutrophil degranulation / positive regulation of interleukin-12 production / cellular response to ionizing radiation / regulation of cytokine production / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / placenta development / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import / stem cell differentiation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to insulin / bone development / cellular response to virus / positive regulation of protein import into nucleus / glucose metabolic process / cell morphogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / spindle pole / osteoblast differentiation / cellular response to tumor necrosis factor / kinase activity / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / protein phosphatase binding / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / nuclear speck / intracellular signal transduction / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 3 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chang, C.-I. / Xu, B.-E. / Akella, R. / Cobb, M.H. / Goldsmith, E.J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of MAP kinase p38 complexed to the docking sites on its nuclear substrate MEF2A and activator MKK3b.
著者: Chang, C.I. / Xu, B.E. / Akella, R. / Cobb, M.H. / Goldsmith, E.J.
履歴
登録2002年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 2.02021年10月27日Group: Atomic model / Database references / カテゴリ: atom_site / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_symm_contact

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 14
B: MAP kinase kinase 3b


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4102
ポリマ－43,4102
非ポリマー00
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.353, 82.353, 123.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-396-

HOH

21A-450-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 14 / MAP KINASE P38 / Mitogen-activated protein kinase p38 / CRK1


分子量: 41338.160 Da / 分子数: 1 / 変異: M30N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: P38 / プラスミド: PET14B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P47811, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: タンパク質・ペプチド MAP kinase kinase 3b / MKK3b


分子量: 2071.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: GenBank: 1778153, UniProt: O09110*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG 8000, calcium acetate, sodium cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 mMTris-HCl1droppH7.4
2100 mM1dropNaCl
31 mMEDTA1drop
40.1 mMdithiothreitol1drop
58 mg/mlprotein1drop
620 %PEG80001reservoir
70.1 Msodium cacodylate1reservoirpH7.0
80.2 Mcalcium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月23日 / 詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→60 Å / Num. all: 29691 / Num. obs: 29661 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル解像度: 2.24→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 60 Å / Num. obs: 22380
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→60 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.249 1882 RANDOM
Rwork0.216 --
all0.247 22048 -
obs0.236 18882 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2831 0 0 110 2941
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.74
精密化
*PLUS
最低解像度: 60 Å / Num. reflection obs: 21231
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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