PDB-1lcx: NMR structure of HIV-1 gp41 659-671 13mer peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1lcx

タイトル

NMR structure of HIV-1 gp41 659-671 13mer peptide

要素

GP41

キーワード

VIRAL PROTEIN / gp41 / 3-10 helix / HIV-1

機能・相同性

機能・相同性情報

Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Biron, Z. / Khare, S. / Samson, A.O. / Hayek, Y. / Naider, F. / Anglister, J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: A Monomeric 3(10)-Helix Is Formed in Water by a 13-Residue Peptide Representing the Neutralizing Determinant of HIV-1 on gp41.
著者: Biron, Z. / Khare, S. / Samson, A.O. / Hayek, Y. / Naider, F. / Anglister, J.

履歴

登録	2002年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1lcx.cif.gz	101.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1lcx.ent.gz	71.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1lcx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/1lcx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/1lcx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lb0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lb0-d 1qs3-d 6ve9-d 1ma2-d 2rum-d 2nd8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (7) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (7) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (6) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (7)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (7)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (6)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GP41

1.62 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 100	structures with acceptable covalent geometry,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #25	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	GP41 / Transmembrane glycoprotein 分子量: 1617.820 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 659-671 / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in HIV-1 virus. 参照: UniProt: P31872

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	2	2D NOESY
1	3	2	DQF-COSY
1	4	1	TOCSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	3mM gp41 659-671 peptide , 50mM ammonium acetate buffer pH 7.7 containing 0.05% NaN3.	95% H2O/5% D2O
2	5mM gp41 659-671 peptide , 50mM ammonium acetate buffer pH 7.7 containing 0.05% NaN3.	99.9% D2O

試料状態

イオン強度: 0.1 M / pH: 7.7 / 圧: 1 atm / 温度: 277 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	800	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
AURELIA	2	Bruker	データ解析
XwinNMR	3	Bruker	collection
XwinNMR	3	Bruker	解析
CNS	3	A.T.Brunger, A.T.	構造決定
CNS	3	Brunger, A.T.	精密化

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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