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- PDB-1l9u: THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l9u
タイトルTHERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION
要素
  • (RNA POLYMERASE, ...) x 4
  • SIGMA FACTOR SIGA
キーワードTRANSCRIPTION / helix-turn-helix / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 ...: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 4 Å
データ登録者Murakami, K.S. / Masuda, S. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2002
タイトル: Structural basis of transcription initiation: RNA polymerase holoenzyme at 4 A resolution.
著者: Murakami, K.S. / Masuda, S. / Darst, S.A.
履歴
登録2002年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA POLYMERASE, ALPHA SUBUNIT
B: RNA POLYMERASE, ALPHA SUBUNIT
C: RNA POLYMERASE, BETA SUBUNIT
D: RNA POLYMERASE, BETA-PRIME SUBUNIT
E: RNA POLYMERASE, OMEGA SUBUNIT
H: SIGMA FACTOR SIGA
J: RNA POLYMERASE, ALPHA SUBUNIT
K: RNA POLYMERASE, ALPHA SUBUNIT
L: RNA POLYMERASE, BETA SUBUNIT
M: RNA POLYMERASE, BETA-PRIME SUBUNIT
N: RNA POLYMERASE, OMEGA SUBUNIT
Q: SIGMA FACTOR SIGA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)831,26918
ポリマ－830,95912
非ポリマー3106
水00
1
A: RNA POLYMERASE, ALPHA SUBUNIT
B: RNA POLYMERASE, ALPHA SUBUNIT
C: RNA POLYMERASE, BETA SUBUNIT
D: RNA POLYMERASE, BETA-PRIME SUBUNIT
E: RNA POLYMERASE, OMEGA SUBUNIT
H: SIGMA FACTOR SIGA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)415,6349
ポリマ－415,4796
非ポリマー1553
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
J: RNA POLYMERASE, ALPHA SUBUNIT
K: RNA POLYMERASE, ALPHA SUBUNIT
L: RNA POLYMERASE, BETA SUBUNIT
M: RNA POLYMERASE, BETA-PRIME SUBUNIT
N: RNA POLYMERASE, OMEGA SUBUNIT
Q: SIGMA FACTOR SIGA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)415,6349
ポリマ－415,4796
非ポリマー1553
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155, 271.2, 155.3
Angle α, β, γ (deg.)90, 91.4, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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RNA POLYMERASE, ... , 4種, 10分子 ABJKCLDMEN

#1: タンパク質
RNA POLYMERASE, ALPHA SUBUNIT


分子量: 34830.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KWU8, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 RNA POLYMERASE, BETA SUBUNIT


分子量: 124800.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KWU7, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 RNA POLYMERASE, BETA-PRIME SUBUNIT


分子量: 171187.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KWU6, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 RNA POLYMERASE, OMEGA SUBUNIT


分子量: 11642.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9EVV4, DNA-directed RNA polymerase

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タンパク質 , 1種, 2分子 HQ

#5: タンパク質 SIGMA FACTOR SIGA


分子量: 38186.723 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 92-438 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: RPOD / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9EZJ8

-
非ポリマー , 2種, 6分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES-NaOH1droppH8.0
33 Msodium formate1drop
42.4-2.6 Msodium formate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月6日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→50 Å / Num. all: 107237 / Num. obs: 85682 / % possible obs: 79.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 4→4.14 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.357 / % possible all: 70.1
反射
*PLUS
最高解像度: 4 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 107237 / Rmerge(I) obs: 0.158
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70.1 % / Rmerge(I) obs: 0.357

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化最高解像度: 4 Å / 詳細: the coordinates contain only a CA trace.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9375 0 0 0 9375
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rfactor obs: 0.345 / Rfactor Rfree: 0.397 / Rfactor Rwork: 0.345
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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