ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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d*TREK | データスケーリング | HKL-2000 | データ削減 | CNS | 精密化 | d*TREK | データ削減 | HKL-2000 | データスケーリング | CNS | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→47.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 276511.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The number of reflections used in refinement include Friedel pairs. Therefore, the number of reflections for refinement is larger than the number collected.
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.189 | 9185 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.185 | - | - | - |
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all | 0.186 | - | - | - |
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obs | 0.186 | 185125 | 95.9 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.5819 Å2 / ksol: 0.38572 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.5 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.3 Å2 | 0.49 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.3 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.6 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.16 Å | 0.15 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.06 Å | 0.07 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.73 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 5074 | 0 | 0 | 503 | 5577 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.008 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg2.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d24.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.94 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.26 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.75 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.35 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.17 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.212 | 1429 | 4.9 % |
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Rwork | 0.21 | 27835 | - |
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obs | - | - | 91.2 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAM | | | |
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