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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l6u | |||||||||
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タイトル | NMR STRUCTURE OF OXIDIZED ADRENODOXIN | |||||||||
要素 | Adrenodoxin 1 | |||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / [2Fe-2S]-cluster / primary interaction domain (helix from Asp72-Asp79) / (alpha-beta)-Protein / 5 Helices / 5 beta strands | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Pregnenolone biosynthesis / Endogenous sterols / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / hormone biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / steroid biosynthetic process / respiratory electron transport chain / cholesterol metabolic process / electron transport chain ...Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Pregnenolone biosynthesis / Endogenous sterols / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / hormone biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / steroid biosynthetic process / respiratory electron transport chain / cholesterol metabolic process / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry, simulated annealing | |||||||||
データ登録者 | Beilke, D. / Weiss, R. / Lohr, F. / Pristovsek, P. / Hannemann, F. / Bernhardt, R. / Rueterjans, H. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: A new electron transport mechanism in mitochondrial steroid hydroxylase systems based on structural changes upon the reduction of adrenodoxin. 著者: Beilke, D. / Weiss, R. / Lohr, F. / Pristovsek, P. / Hannemann, F. / Bernhardt, R. / Ruterjans, H. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: NEW ASPECTS OF ELECTRON TRANSFER REVEALED BY THE CRYSTAL STRUCTURE OF A TRUNCATED BOVINE ADRENODOXIN, ADX(4-108) 著者: Muller, A. / Muller, J.J. / Muller, Y.A. / Uhlmann, H. / Bernhardt, R. / Heinemann, U. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1l6u.cif.gz | 329.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1l6u.ent.gz | 279.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1l6u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1l6u_validation.pdf.gz | 433.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1l6u_full_validation.pdf.gz | 551.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1l6u_validation.xml.gz | 32.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1l6u_validation.cif.gz | 42.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/1l6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/1l6u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1l6vC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14061.761 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官: adrenal gland / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00257 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FES / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy |
-試料調製
詳細 | 内容: 2-3mM Adrenodoxin 15N,13C, 50 mM phosphate buffer, 50mM NaCl, 10% D2O, 0.04% NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 100 mM salt / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |