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万見
- PDB-1l6o: XENOPUS DISHEVELLED PDZ DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l6o
タイトルXENOPUS DISHEVELLED PDZ DOMAIN
要素
  • Dapper 1
  • Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
キーワードGENE REGULATION / dishevelled / Wnt pathway / PDZ / molecular recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


convergent extension / convergent extension involved in gastrulation / ciliary basal body organization / establishment of planar polarity / syndecan binding / dorsal/ventral axis specification / gastrulation with mouth forming second / activation of GTPase activity / anterior/posterior axis specification / ciliary rootlet ...convergent extension / convergent extension involved in gastrulation / ciliary basal body organization / establishment of planar polarity / syndecan binding / dorsal/ventral axis specification / gastrulation with mouth forming second / activation of GTPase activity / anterior/posterior axis specification / ciliary rootlet / establishment or maintenance of cell polarity / cilium assembly / ephrin receptor signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / ephrin receptor binding / neurogenesis / neural tube closure / cell cortex / cytoplasmic vesicle / protein stabilization / intracellular signal transduction / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dishevelled-2 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain ...Dishevelled-2 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cheyette, B.N.R. / Waxman, J.S. / Miller, J.R. / Takemaru, K.-I. / Sheldahl, L.C. / Khlebtsova, N. / Fox, E.P. / Earnest, T. / Moon, R.T.
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2002
タイトル: Dapper, a Dishevelled-associated antagonist of beta-catenin and JNK signaling, is required for notochord formation
著者: Cheyette, B.N.R. / Waxman, J.S. / Miller, J.R. / Takemaru, K.-I. / Sheldahl, L.C. / Khlebtsova, N. / Fox, E.P. / Earnest, T. / Moon, R.T.
履歴
登録2002年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999SEQUENCE AUTHOR HAS MODIFIED RESIDUE 251, AN INITIATING METHIONINE, ON CHAINS A, B AND C AS SELENOMETHIONINE

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
B: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
C: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
D: Dapper 1
E: Dapper 1
F: Dapper 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4446
ポリマ－34,4446
非ポリマー00
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area15490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.733, 84.734, 123.154
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 / Dishevelled-2 / DSH homolog 2 / Xdsh


分子量: 10588.349 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51142
#2: タンパク質・ペプチド Dapper 1 / Dishevelled interacting antagonist / Dpr1


分子量: 893.123 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence is naturally found in Xenopus laevis (African clawed frog).
参照: GenBank: 20147551
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Khlebtsova, N., (2000) Acta Crystallogr., D56, 212.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMTris1droppH8.
225 mM1dropNaCl
36-8 mg/mlprotein1drop
4100 mMsodium acetate1reservoirpH4.7
51.4 Msodium formate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.0000,0.9796,0.9795,0.9686
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97961
30.97951
40.96861
反射解像度: 2.2→54.23 Å / Num. obs: 21376

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCDSYSデータ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
REFMAC5精密化
CCDSYSデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.2→54.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 9.95 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32316 1127 5 %RANDOM
Rwork0.27691 ---
obs0.27918 21376 95.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 64.2111 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→54.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2303 0 0 25 2328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0730.0222327
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg4.5971.9773132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1173298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.40115446
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3130.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0220.021696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3490.31176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2610.5211
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3860.342
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.53
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7311.51496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.10322411
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.0523831
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.4494.5721
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.566 47
Rwork0.542 1032

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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